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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ml2 | ||||||
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タイトル | Solution Structure of AlgE6R2 subunit from the Azotobacter vinelandii Mannuronan C5-epimerase | ||||||
![]() | Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 6 | ||||||
![]() | ISOMERASE / Alginate C-5 epimerase / mannuronan C-5 epimerase / R-module | ||||||
機能・相同性 | ![]() mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
![]() | Buchinger, E. / Wimmer, R. / Aachmann, F.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Characterization of the R-modules in Alginate C-5 Epimerases AlgE4 and AlgE6 from Azotobacter vinelandii 著者: Buchinger, E. / Knudsen, D.H. / Behrens, M.A. / Pedersen, J.S. / Aarstad, O.A. / Tndervik, A. / Valla, S. / Skjak-Brk, G. / Wimmer, R. / Aachmann, F.L. #1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2011 タイトル: 1H, 13C and 15N resonances of the AlgE62 subunit from Azotobacter vinelandii mannuronan C5-epimerase 著者: Andreassen, T. / Buchinger, E. / Skjak-Brk, G. / Valla, S. / Aachmann, F.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 893.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 746.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 499.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 603.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ml1C ![]() 2ml3C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16547.721 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 534-694 / 変異: H72Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 354 Eubacteria / 遺伝子: algE6 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9ZFH0, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ(光学異性の転換); 炭水化物およびその類縁体に作用 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Structure of the second R-module of AlgE6 from Azotobacter vinelandii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.165 / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 3579 / NOE intraresidue total count: 2316 / NOE long range total count: 397 / NOE medium range total count: 106 / NOE sequential total count: 760 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 52 / Protein psi angle constraints total count: 52 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |