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- PDB-2mkc: Cooperative Structure of the Heterotrimeric pre-mRNA Retention an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mkc
タイトルCooperative Structure of the Heterotrimeric pre-mRNA Retention and Splicing Complex
要素
  • Pre-mRNA leakage protein 1
  • Pre-mRNA-splicing factor CWC26
  • U2 snRNP component IST3
キーワードSPLICING / spliceosome / Snu17p / Bud13p / Pml1p / heterotrimer / cooperativity / RES / RRM / PROTEIN BINDING / Ist3p
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / RES complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA export from nucleus / spliceosomal complex ...maintenance of RNA location / RES complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA export from nucleus / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / : / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain ...Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / : / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U2 snRNP component IST3 / Pre-mRNA-splicing factor CWC26 / Pre-mRNA leakage protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wysoczanski, P. / Schneider, C. / Xiang, S. / Munari, F. / Trowitzsch, S. / Wahl, M.C. / Luhrmann, R. / Becker, S. / Zweckstetter, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Cooperative structure of the heterotrimeric pre-mRNA retention and splicing complex.
著者: Wysoczanski, P. / Schneider, C. / Xiang, S. / Munari, F. / Trowitzsch, S. / Wahl, M.C. / Luhrmann, R. / Becker, S. / Zweckstetter, M.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U2 snRNP component IST3
B: Pre-mRNA leakage protein 1
C: Pre-mRNA-splicing factor CWC26


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8393
ポリマ－19,8393
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 U2 snRNP component IST3 / Increased sodium tolerance protein 3 / U2 snRNP protein SNU17


分子量: 13495.979 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-138 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IST3, SNU17, YIB5W, YIR005W / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40565
#2: タンパク質・ペプチド Pre-mRNA leakage protein 1


分子量: 2514.782 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-42 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PML1, YLR016C, L1591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07930
#3: タンパク質・ペプチド Pre-mRNA-splicing factor CWC26 / Bud site selection protein 13 / Complexed with CEF1 protein 26 / Synthetic lethal with CLF1 protein 7


分子量: 3828.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 215-245 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BUD13, CWC26, SLC7, YGL174W, G1642 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46947
構成要素の詳細AUTHORS STATE THAT THE ISOTOPICALLY LABELLED BIOSYNTHETIC PEPTIDES HAVE GS CLONING ARTIFACT AT THE ...AUTHORS STATE THAT THE ISOTOPICALLY LABELLED BIOSYNTHETIC PEPTIDES HAVE GS CLONING ARTIFACT AT THE N-TERMINI, WHICH WERE USED PRIMARILY TO DERIVE THE DATA THAT LEAD TO THE RELEVANT PARTS OF THE STRUCTURE. HOWEVER, THE NATURAL ISOTOPIC ABUNDANCE SYNTHETIC PEPTIDES WERE ALSO USED FOR SOME NMR EXPERIMENTS. THEY DO NOT HAVE GS CLONING ARTIFACT. INSTEAD, THEY HAVE ACETYL GROUP AT THE N-TERMINUS AND AMIDE AT THE C-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-15N HSQC
1522D 1H-15N HSQC
1622D 1H-15N HSQC
1722D 1H-15N HSQC
1822D 1H-15N HSQC
1932D 1H-15N HSQC
11032D 1H-15N HSQC
11132D 1H-15N HSQC
11232D 1H-15N HSQC
11313D HNCO
11413D HNCA
11523D HNCA
11633D HNCA
11743D HN(CA)CB
11813D HN(CO)CA
11923D HN(CO)CA
12033D HN(CO)CA
12113D (H)CCH-TOCSY
12223D (H)CCH-TOCSY
12333D (H)CCH-TOCSY
12413D 1H-15N NOESY
12523D 1H-15N NOESY
12633D 1H-15N NOESY
12753D 1H-15N NOESY
12813D 1H-13C NOESY aliphatic
12923D 1H-13C NOESY aliphatic
13033D 1H-13C NOESY aliphatic
13153D 1H-13C NOESY aliphatic
13213D 1H-13C NOESY aromatic
13323D 1H-13C NOESY aromatic
13433D 1H-13C NOESY aromatic
13553D (H)CCH-TOCSY
13613D 1H-13C NOESY filtered/edited
13723D 1H-13C NOESY filtered/edited
1381(HB)CB(CGCD)HD
13913D CCH-TOCSY
14033D CBCA(CO)NH
14133D 1H-15N NOESY ARG-centered

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
125 mM sodium phosphate, 250 mM NaCl, 1 mM sodium azide, 0.9-1.3 mM [U-13C; U-15N] Snu17p, 1.1-1.5 mM Bud13p, 1.4-1.9 mM Pml1p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
225 mM sodium phosphate, 250 mM NaCl, 1 mM sodium azide, 1.0-1.3 mM Snu17p, 1.2-1.5 mM Bud13p, 0.8-1.0 mM [U-13C; U-15N] Pml1p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
325 mM sodium phosphate, 250 mM NaCl, 1 mM sodium azide, 1.0-1.3 mM Snu17p, 0.8-1.0 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] Bud13p, 1.5-1.9 mM Pml1p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
425 mM sodium phosphate, 250 mM NaCl, 1 mM sodium azide, 0.9-1.3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Snu17p, 1.1-1.5 mM Bud13p, 1.4-1.9 mM Pml1p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
525 mM sodium phosphate, 250 mM NaCl, 1 mM sodium azide, 1.0-1.3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Snu17p, 0.8-1.0 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] Bud13p, 1.5-1.9 mM Pml1p, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
25 mMsodium phosphate-11
250 mMNaCl-21
1 mMsodium azide-31
mMSnu17p-4[U-13C; U-15N]0.9-1.31
mMBud13p-51.1-1.51
mMPml1p-61.4-1.91
25 mMsodium phosphate-72
250 mMNaCl-82
1 mMsodium azide-92
mMSnu17p-101.0-1.32
mMBud13p-111.2-1.52
mMPml1p-12[U-13C; U-15N]0.8-1.02
25 mMsodium phosphate-133
250 mMNaCl-143
1 mMsodium azide-153
mMSnu17p-161.0-1.33
mMBud13p-17[U-10% 13C; U-99% 15N]0.8-1.03
mMPml1p-181.5-1.93
25 mMsodium phosphate-194
250 mMNaCl-204
1 mMsodium azide-214
mMSnu17p-22[U-13C; U-15N; U-2H]0.9-1.34
mMBud13p-231.1-1.54
mMPml1p-241.4-1.94
25 mMsodium phosphate-255
250 mMNaCl-265
1 mMsodium azide-275
mMSnu17p-28[U-13C; U-15N; U-2H]1.0-1.35
mMBud13p-29[U-10% 13C; U-99% 15N]0.8-1.05
mMPml1p-301.5-1.95
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004
Bruker AvanceBrukerAVANCE8005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TopSpin3.1Bruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Analysis_CCPNCCPNデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER REFINEMENT (RECOORD)
NMR constraintsNOE constraints total: 4105 / NOE intraresidue total count: 769 / NOE long range total count: 1597 / NOE medium range total count: 775 / NOE sequential total count: 964 / Hydrogen bond constraints total count: 50 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 115 / Protein psi angle constraints total count: 115
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.62 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 3.2 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.307 Å / Torsion angle constraint violation method: CNS
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0101 Å / Distance rms dev error: 0.0008 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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