[日本語] English
万見
- PDB-2mj4: Neurotoxin II from snake venom Naja Oxiana in solution -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mj4
タイトルNeurotoxin II from snake venom Naja Oxiana in solution
要素Short neurotoxin 1
キーワードTOXIN / 13C relaxation / side chain dynamics / molecular dynamics / molecular mechanics force fields / optimization
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Short neurotoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Naja oxiana (コブラ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Lesovoy, D.M. / Nolde, S.B. / Bocharov, E.V. / Lyukmanova, E.N. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: An NMR-based approach for validation of protein side-chains dynamics in silico
著者: Lesovoy, D.M. / Nolde, S.B. / Bocharov, E.V. / Lyukmanova, E.N. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2013年12月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Short neurotoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8961
ポリマ－6,8961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 Short neurotoxin 1 / Neurotoxin II / NTX II / Neurotoxin alpha


分子量: 6895.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Naja oxiana (コブラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01427
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Side chains dynamics from 13CH, 13CH2, 13CH3, 15NH, and 15NH2 NMR relaxation: R1, R2, NOE, dipole-dipole cross-correlation contribution to R1 and R2. Simulated NMR parameters from molecular dynamics trajectory.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1412D 13C-15N HSQC carbon
1512D 13C->13C carbon
1612D 1H->(13C)->13C carbon
1713D HNCO
1813D HNCA
1913D HN(CO)CA
11013D HN(CA)CO
11113D (H)CCH-TOCSY
11223D HNHA
11323D HNHB
11442D DQF-COSY
11523D 1H-15N NOESY
11613D 1H-13C NOESY aliphatic
11713D 1H-13C NOESY aromatic
11822D 1H-15N CLEANEX
11913D HNCO
12022D 1H-15N HSQC H/D
12122D 1H-15N 15N R1
12222D 1H-15N NH-NH/15N R1
12322D 1H-15N 15N R2
12422D 1H-15N 15N-1H NOE
12512D 1H-13C 13C R1
12612D 1H-13C 13C-1H NOE
12712D 1H-13C CH-CH/13C R1
12812D 1H-13C CH-CH/13C R2
12932D 1H-15N 15N R1
13032D 1H-15N 15N R2
13132D 1H-15N 15N-1H NOE

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Neurotoxin II-1, 0.3 mM sodium azide-2, 10 mM citric acid-3, 20 mM Na2HPO4-4, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-99% 15N] Neurotoxin II-5, 0.3 mM sodium azide-6, 10 mM citric acid-7, 20 mM Na2HPO4-8, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-99% 15N] Neurotoxin II-9, 0.3 mM sodium azide-10, 10 mM citric acid-11, 20 mM Na2HPO4-12, 50% H2O/50% D2O50% H2O/50% D2O
42 mM Neurotoxin II-13, 0.3 mM sodium azide-14, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMNeurotoxin II-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.3 mMsodium azide-21
10 mMcitric acid-31
20 mMNa2HPO4-41
1 mMNeurotoxin II-5[U-99% 15N]2
0.3 mMsodium azide-62
10 mMcitric acid-72
20 mMNa2HPO4-82
1 mMNeurotoxin II-9[U-99% 15N]3
0.3 mMsodium azide-103
10 mMcitric acid-113
20 mMNa2HPO4-123
2 mMNeurotoxin II-134
0.3 mMsodium azide-144
試料状態イオン強度: 50 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CARA1.8.4Rochus Kellerchemical shift assignment
MathematicaWolfram Researchデータ解析
NMRPipe(ACME)Delaglio, Zhengrong and Bax解析
NMRPipe(ACME)Delaglio, Zhengrong and Baxデータ解析
CYANA精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The 1H-1H NOE amplitudes should be treated only according to the flexibility of the corresponding backbone or side chain groups: derived from the heteronuclear NOE, R1, R2, 1chch(dipolar ...詳細: The 1H-1H NOE amplitudes should be treated only according to the flexibility of the corresponding backbone or side chain groups: derived from the heteronuclear NOE, R1, R2, 1chch(dipolar cross-correlation contribution to R1), 2chch(dipolar cross-correlation contribution to R2), and 3J scalar coupling constant values.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る