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- PDB-2mj2: Structure of the dimerization domain of the human polyoma, JC vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mj2
タイトルStructure of the dimerization domain of the human polyoma, JC virus agnoprotein is an amphipathic alpha-helix.
要素Agnoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Agnoprotein / polyomavirus JCV / DNA replication / progressive multifocal leukoencephalopathy
機能・相同性Polyomavirus agnoprotein / Polyomavirus agnoprotein / host cell rough endoplasmic reticulum membrane / host cell nuclear membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell plasma membrane / DNA binding / Agnoprotein
機能・相同性情報
生物種JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Coric, P. / Saribas, S.A. / Abou-Gharbia, M. / Childers, W. / White, M. / Bouaziz, S. / Safak, M.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: The structure of the dimerization domain of the human polyoma, JC virus agnoprotein is an amphipathic alpha-helix
著者: Coric, P. / Saribas, S.A. / Abou-Gharbia, M. / Childers, W. / White, M. / Bouaziz, S. / Safak, M.
#1: ジャーナル: Virology / 年: 2013
タイトル: Essential roles of Leu/Ile/Phe-rich domain of JC virus agnoprotein in dimer/oligomer formation, protein stability and splicing of viral transcripts.
著者: Sami Saribas, A. / Abou-Gharbia, M. / Childers, W. / Sariyer, I.K. / White, M.K. / Safak, M.
#2: ジャーナル: Virology / 年: 2011
タイトル: Human polyomavirus JC small regulatory agnoprotein forms highly stable dimers and oligomers: implications for their roles in agnoprotein function.
著者: Saribas, A.S. / Arachea, B.T. / White, M.K. / Viola, R.E. / Safak, M.
履歴
登録2013年12月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agnoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2081
ポリマ－4,2081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Agnoprotein / Agno


分子量: 4207.873 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 17-52 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
参照: UniProt: P03086

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D DQF-COSY
2412D 1H-1H NOESY
2512D 1H-1H TOCSY
2612D DQF-COSY
3712D 1H-1H NOESY
3812D 1H-1H TOCSY
3912D DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM AGNO, 70 v/v H2O, 30 v/v [U-100% 2H] TFE, water with 30% (v/v) TFE (Trifluoroethanol, CF3CH2OH)
溶媒系: water with 30% (v/v) TFE (Trifluoroethanol, CF3CH2OH)
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMAGNO-11
70 v/vH2O-21
30 v/vTFE-3[U-100% 2H]1
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1no salts 3ambient 293 K
2no salts 3ambient 303 K
3no salts 3ambient 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
CcpNmr Analysis2.2.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.2.2CCPNデータ解析
CcpNmr Analysis2.2.2CCPNpeak picking
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilgesgeometry optimization
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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