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万見
- PDB-2mit: Solution structure of oxidized dimeric form of human defensin 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mit
タイトルSolution structure of oxidized dimeric form of human defensin 5
要素Defensin-5
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / cysteine knot / antimicrobial peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane permeability / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / defense response to fungus / transport vesicle / innate immune response in mucosa / secretory granule ...positive regulation of membrane permeability / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / defense response to fungus / transport vesicle / innate immune response in mucosa / secretory granule / positive regulation of interleukin-8 production / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / midbody / defense response to Gram-negative bacterium / secretory granule lumen / protein homotetramerization / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Wommack, A.J. / Ziarek, J.J. / Wagner, G. / Nolan, E.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of oxidized dimeric form of human defensin 5
著者: Wommack, A.J. / Ziarek, J.J. / Wagner, G. / Nolan, E.M.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defensin-5
B: Defensin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1882
ポリマ－7,1882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Defensin-5 / Defensin / alpha 5 / HD5(63-94)


分子量: 3594.228 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 63-94 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEF5, DEFA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01523
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HNCO
1413D HCACO
1513D HN(CA)CB
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D C(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1913D HNHB
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
11222D 1H-15N HSQC
11322D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 0.3 mM protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMentity-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.3 mMentity-2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.3 mMentity-32
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian AvanceVarianAVANCE5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
WHAT IFVriend精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Initial structures calculated by minimizing target function. Final CYANA structure refined in explicit water using molecular dynamics.
NMR constraintsNOE constraints total: 1113 / NOE intraresidue total count: 270 / NOE long range total count: 384 / NOE medium range total count: 118 / NOE sequential total count: 232 / Disulfide bond constraints total count: 18 / Protein chi angle constraints total count: 28 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 40 / Protein psi angle constraints total count: 38
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.3 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.66 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0264 Å / Distance rms dev error: 0.0042 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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