[日本語] English
万見
- PDB-2mio: Solution NMR Structure of SH3 Domain 1 of Rho GTPase-activating P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mio
タイトルSolution NMR Structure of SH3 Domain 1 of Rho GTPase-activating Protein 10 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR9129A
要素Rho GTPase-activating protein 10
キーワードStructural genomics / Unknown function / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of PAK-2p34 activity by PS-GAP/RHG10 / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / endosome membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm ...Regulation of PAK-2p34 activity by PS-GAP/RHG10 / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / endosome membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GRAF2, SH3 domain / : / : / BAR domain of APPL family / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases ...GRAF2, SH3 domain / : / : / BAR domain of APPL family / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Variant SH3 domain / Rho GTPase activation protein / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho GTPase-activating protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Xu, X. / Eletsky, A. / Pulavarti, S.V.S.R.K. / Wang, H. / Janjua, H. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Sukumaran, D.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of SH3 Domain 1 of Rho GTPase-activating Protein 10 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR9129A
著者: Xu, X. / Eletsky, A. / Pulavarti, S.V.S.R.K. / Wang, H. / O'Connell, P.T. / Janjua, H. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Sukumaran, D. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rho GTPase-activating protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0441
ポリマ－8,0441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Rho GTPase-activating protein 10 / GTPase regulator associated with focal adhesion kinase 2 / Graf-related protein 2 / Rho-type GTPase- ...GTPase regulator associated with focal adhesion kinase 2 / Graf-related protein 2 / Rho-type GTPase-activating protein 10


分子量: 8044.095 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain 1 residues 728-786 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGAP10, GRAF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: A1A4S6

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C CT HSQC aliphatic
1323D HNCO
1423D CBCA(CO)NH
1523D HN(CA)CB
1622D 1H-13C CT HSQC aromatic
1723D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1822D 1H-13C HSQC aliphatic
1922D 1H-13C HSQC aromatic
11023D HBHA(CO)NH
11123D(H)CCH-TOCSY ali
11223D (H)CCH-COSY ali
1132GFT-43D (H)CCH-COSY aromatic
11423D HN(CA)CO
1152gNfHSQC His
11612D 1H-15N HSQC
11712D 1H-13C ct-HSQC methyl(28ms)
11812D 1H-13C CT HSQC-methyl (42ms)
11912D 1H-13C CT HSQC-methyl (56ms)
12012D J-modulation 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.72 mM U-100% 13C-U-100%15N labeled protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.72 mM 10% 13C U-100% 15N labeled protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
VnmrJVariancollection
TALOSNShen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PSVSBhattacharya, Montelionestructure validation
PSVSBhattacharya, Montelione解析
PSVSGuntertstructure validation
PSVSGuntert解析
PSVSBhattacharya, Montelionestructure validation
PSVSBhattacharya, Montelione解析
PSVSGuntertstructure validation
PSVSGuntert解析
CSIDavid Wishart,Leigh Willard,Tim Jellard,Brian Sykesデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination was performed by running CYANA and ASDP in parallel using NOE-based constraints and PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOSN. Consensus peak assignments were ...詳細: Structure determination was performed by running CYANA and ASDP in parallel using NOE-based constraints and PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOSN. Consensus peak assignments were selected and used in iterative refinement with CYANA. The 20 conformers out of 100 with the lowest target function were further refined by simulated annealing in explicit water bath using the program CNS with PARAM19 force field NMR.
NMR constraintsNOE constraints total: 860 / NOE intraresidue total count: 236 / NOE long range total count: 332 / NOE medium range total count: 69 / NOE sequential total count: 223 / Protein chi angle constraints total count: 26 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 26 / Protein psi angle constraints total count: 26
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る