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- PDB-2mi7: Solution NMR structure of alpha3Y -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mi7
タイトルSolution NMR structure of alpha3Y
要素de novo protein a3Y
キーワードDE NOVO PROTEIN / three-helix bundle / redox protein / tyrosine radical / proton-coupled electron transfer
機能・相同性Designed single chain three-helix bundle / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Glover, S.D. / Jorge, C. / Liang, L. / Valentine, K.G. / Hammarstrom, L. / Tommos, C.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Photochemical tyrosine oxidation in the structurally well-defined alpha 3Y protein: proton-coupled electron transfer and a long-lived tyrosine radical.
著者: Glover, S.D. / Jorge, C. / Liang, L. / Valentine, K.G. / Hammarstrom, L. / Tommos, C.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: De novo proteins as models of radical enzymes.
著者: Tommos, C. / Skalicky, J.J. / Pilloud, D.L. / Wand, A.J. / Dutton, P.L.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: Structure of a de novo designed protein model of radical enzymes.
著者: Dai, Q.H. / Tommos, C. / Fuentes, E.J. / Blomberg, M.R. / Dutton, P.L. / Wand, A.J.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Electrochemical and structural properties of a protein system designed to generate tyrosine Pourbaix diagrams.
著者: Martinez-Rivera, M.C. / Berry, B.W. / Valentine, K.G. / Westerlund, K. / Hay, S. / Tommos, C.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Reversible voltammograms and a Pourbaix diagram for a protein tyrosine radical.
著者: Berry, B.W. / Martinez-Rivera, M.C. / Tommos, C.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Reversible phenol oxidation and reduction in the structurally well-defined 2-Mercaptophenol-alpha 3C protein.
著者: Tommos, C. / Valentine, K.G. / Martinez-Rivera, M.C. / Liang, L. / Moorman, V.R.
履歴
登録2013年12月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo protein a3Y


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5401
ポリマ－7,5401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)32 / 1000NOE violation cutoff >0.1A, bb dihedral angle violation cutoff >2 degrees, then lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 de novo protein a3Y


分子量: 7539.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CA)CO
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D H(CC)(CO)NH TOCSY
1813D CC(CO)NH TOCSY
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D (H)CCH3-TOCSY
11122D 1H-1H NOESY aromatic
11223D 1H-13C NOESY aromatic
11313D 1H-15N NOESY
11414D 1H-15N NOESY
11524D 1H-13C NOESY
11632D 1H-13C HSQC
11722D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.95 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] a3Y, 30 mM [U-100% 2H] sodium acetate, 30 mM sodium chloride, 0.25 mM DSS, 0.02 % (w/v) sodium azide, 92% H2O/8% D2O92% H2O/8% D2O
20.95 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] a3Y, 30 mM [U-100% 2H] sodium acetate, 30 mM sodium chloride, 0.25 mM DSS, 0.02 % (w/v) sodium azide, 99.99% D2O99.99% D2O
30.95 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] a3Y, 30 mM [U-100% 2H] sodium acetate, 30 mM sodium chloride, 0.25 mM DSS, 0.02 % (w/v) sodium azide, 99.99% D2O99.99% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.95 mMa3Y-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
30 mMsodium acetate-2[U-100% 2H]1
30 mMsodium chloride-31
0.25 mMDSS-41
0.02 %sodium azide-51
0.95 mMa3Y-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
30 mMsodium acetate-7[U-100% 2H]2
30 mMsodium chloride-82
0.25 mMDSS-92
0.02 %sodium azide-102
0.95 mMa3Y-11[U-10% 13C; U-100% 15N]3
30 mMsodium acetate-12[U-100% 2H]3
30 mMsodium chloride-133
0.25 mMDSS-143
0.02 %sodium azide-153
試料状態イオン強度: 60 / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7501
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
FelixAccelrys Software Inc.解析
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardpeak picking
Sparky3.113Goddardnoe integration
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxsecondary structure analysis
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVS1.5Bhattacharya and Montelionestructure evaluation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 784 / NOE intraresidue total count: 221 / NOE long range total count: 165 / NOE medium range total count: 214 / NOE sequential total count: 184 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 54 / Protein psi angle constraints total count: 52
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.153 °
コンフォーマー選択の基準: NOE violation cutoff >0.1A, bb dihedral angle violation cutoff >2 degrees, then lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 32 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 1.037 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.094 Å / Torsion angle constraint violation method: sum of r^-6
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0058 Å / Distance rms dev error: 0.0005 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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