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- PDB-2mhr: STRUCTURE OF MYOHEMERYTHRIN IN THE AZIDOMET STATE AT 1.7(SLASH)1.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mhr
タイトルSTRUCTURE OF MYOHEMERYTHRIN IN THE AZIDOMET STATE AT 1.7(SLASH)1.3 ANGSTROMS RESOLUTION
要素MYOHEMERYTHRIN
キーワードOXYGEN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemerythrin / Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / : / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Haemerythrin / Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / : / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / MU-OXO-DIIRON / Myohemerythrin
類似検索 - 構成要素
生物種Themiste zostericola (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Sheriff, S. / Hendrickson, W.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure of myohemerythrin in the azidomet state at 1.7/1.3 A resolution.
著者: Sheriff, S. / Hendrickson, W.A. / Smith, J.L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1987
タイトル: Location of Iron and Sulfur Atoms in Myohemerythrin from Anomalous-Scattering Measurements
著者: Sheriff, S. / Hendrickson, W.A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1987
タイトル: General Density Function Corresponding to X-Ray Diffraction with Anomalous Scattering Included
著者: Hendrickson, W.A. / Sheriff, S.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1987
タイトル: Description of Overall Anisotropy in Diffraction from Macromolecular Crystals
著者: Sheriff, S. / Hendrickson, W.A.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Structural Heterogeneity in Protein Crystals
著者: Smith, J.L. / Hendrickson, W.A. / Honzatko, R.B. / Sheriff, S.
#5: ジャーナル: Biomolecular Stereodynamics III. Proceedings of the Fourth Conversation in the Discipline of Biomolecular Stereodynamics
年: 1986
タイトル: Mobility and Heterogeneity in Protein Structure as Seen by Diffraction
著者: Hendrickson, W.A. / Smith, J.L. / Sheriff, S.
#6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985
タイトル: Influence of Solvent Accessibility and Intermolecular Contacts on Atomic Mobilities in Hemerythrins
著者: Sheriff, S. / Hendrickson, W.A. / Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#7: ジャーナル: Respiratory Pigments in Animals / 年: 1985
タイトル: Structure and Function of Hemerythrins
著者: Hendrickson, W.A. / Smith, J.L. / Sheriff, S.
#8: ジャーナル: Life Chem.Rep.,Suppl.Ser. / 年: 1983
タイトル: Structure of the Active Center of Hemerythrins
著者: Sheriff, S. / Hendrickson, W.A. / Smith, J.L.
#9: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1975
タイトル: Tertiary Structure of Myohemerythrin at Low Resolution
著者: Hendrickson, W.A. / Klippenstein, G.L. / Ward, K.B.
履歴
登録1987年4月20日処理サイト: BNL
改定 1.01987年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
置き換え2008年11月25日ID: 1MHR
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOHEMERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2596
ポリマ－13,8011
非ポリマー4585
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.660, 80.170, 37.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO 7 AND PRO 90 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 MYOHEMERYTHRIN


分子量: 13800.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Themiste zostericola (無脊椎動物)
参照: UniProt: P02247
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THERE ARE TWO TURNS IN MYOHEMERYTHRIN WHICH INVOLVE A QUINTET OF RESIDUES AND ARE NOT WELL ...THERE ARE TWO TURNS IN MYOHEMERYTHRIN WHICH INVOLVE A QUINTET OF RESIDUES AND ARE NOT WELL DESCRIBED BY PREVIOUS CATEGORIZATION. THE FIRST SUCH TURN IS FROM ARG 15 TO GLU 19. PHE 17 IS IN A LEFT-HANDED ALPHA CONFORMATION. SIDE CHAIN TO MAIN CHAIN HYDROGEN BONDS ARE RESPONSIBLE FOR STABILIZING THIS STRUCTURE. THESE INCLUDE N VAL 16 - OD2 ASP 22, N PHE 17 - OD1 ASP 22, OH TYR 18 - N GLY 116 AND OH TYR 18 - N LEU 118. THE SECOND TURN IS FROM ARG 37 TO ALA 41 (INCLUDING THE INVERSE GAMMA BEND, TURN 4 BELOW). THIS IS ALSO STABILIZED BY SIDE CHAIN TO MAIN CHAIN HYDROGEN BONDING INCLUDING ND2 ASN 43 - O ASP 38, N ASN 43 - OG SER 40. THE LATTER HYDROGEN BOND (SIDE CHAIN TO NH(N+3)) IS COMMON AT THE BEGINNING OF ALPHA-HELICES. ALSO HOH 139 LINKS O SER 40 WITH OD1 ASN 39 AND HOH 148 LINKS OD1 ASP 38 WITH OG SER 40. TURN 6 IS PART OF A LARGER END-OF-HELIX STRUCTURE FIRST DESCRIBED BY C. SCHELLMAN (1980) IN *PROTEIN FOLDING* (R.JAENICKE, ED.), PP. 53-61, ELSEVIER, AMSTERDAM. IT ALSO INCLUDES A HYDROGEN BOND FROM O MET 62 TO N TYR 67 AND WHICH REQUIRES THE N-1 RESIDUE (LYS 66) TO BE IN A LEFT-HANDED ALPHA-HELICAL CONFORMATION.
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.7 / 手法: unknown / 詳細: seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
155 %satammonium sulfate11
20.1 Mcacodylic acid11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.3→10 Å / Rfactor obs: 0.158 / σ(F): 4
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.82 Å2--
2---9.1 Å2-
3---3.28 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1999 0 21 157 2177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1660.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 16654 / σ(I): 2 / 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 1.7 Å / Rfactor obs: 0.158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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