PDB-2mhe: NMR structure of the protein NP_419126.1 from Caulobacter crescentus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mhe

タイトル

NMR structure of the protein NP_419126.1 from Caulobacter crescentus

要素

Uncharacterized protein

キーワード

Structural genomics / Unknown function / PF13773 / PSI-Biology / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

Uncharacterised protein PF13773, DUF4170 / Protein of unknown function DUF4170 / Domain of unknown function (DUF4170) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Inositol monophosphatase

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter crescentus (バクテリア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Serrano, P. / Dutta, S.K. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the protein NP_419126.1 from Caulobacter crescentus
著者: Serrano, P. / Dutta, S.K. / Geralt, M. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2013年11月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mhe.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mhe.ent.gz	879.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/2mhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/2mhe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4m70-1 3hi2-2 3iug-1 4oyj-12 3g5j-1 1hrz-d 4ai5-2 5e0r-d 4p0b-1 4xm4-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19628 TargetTrack: JCSG-423832

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

16.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 8244.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_0307 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9ABC3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	4D HACANH APSY
1	3	1	5D (HA)CA(CO)NH APSY
1	4	1	5D CBCA(CO)NH APSY
1	5	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	7	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細

内容: 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM sodium azide, 1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
20 mM	sodium phosphate-1		1
50 mM	sodium chloride-2		1
5 mM	sodium azide-3		1
1.2 mM	entity-4	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1

試料状態

イオン強度: 0.0798 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger A. T. et.al.	精密化
CNS	Brunger A. T. et.al.	chemical shift assignment
CNS	Brunger A. T. et.al.	データ解析
CARA	Keller and Wuthrich	精密化
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	Keller and Wuthrich	データ解析
j-UNIO	Herrmann and Wuthrich	chemical shift assignment
j-UNIO	Herrmann and Wuthrich	chemical shift calculation
j-UNIO	Herrmann and Wuthrich	peak picking
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TopSpin	Bruker Biospin	解析

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 2605

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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