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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mfm | ||||||
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タイトル | Solution structure of the C-terminally encoded peptide of the plant parasitic nematode Meloidogyne hapla - CEP11 | ||||||
要素 | CEP11 | ||||||
キーワード | HORMONE / CEP / Meloidogyne / root-knot nematode / CLE | ||||||
機能・相同性 | nitrate import / regulation of root development / regulation of leaf morphogenesis / hormone activity / extracellular region / Putative encoded peptide 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Meloidogyne hapla (きたねこぶせんちゅう) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Bobay, B.G. / DiGennaro, P. / Bird, D.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013 タイトル: Solution NMR studies of the plant peptide hormone CEP inform function. 著者: Bobay, B.G. / Digennaro, P. / Scholl, E. / Imin, N. / Djordjevic, M.A. / McK Bird, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mfm.cif.gz | 41.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mfm.ent.gz | 32 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mfm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mfm_validation.pdf.gz | 395.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mfm_full_validation.pdf.gz | 422.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mfm_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mfm_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/2mfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/2mfm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1522.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic peptide with modification of hydroxy-proline at positions 4 and 11 由来: (合成) Meloidogyne hapla (きたねこぶせんちゅう) 参照: UniProt: G7K427*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: NOESY collected at 50 and 300 ms ; TOCSY collected at 30 and 80 ms |
-試料調製
詳細 | 内容: 4 mg/mL protein, 10 uM DSS, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |