PDB-2me7: NMR solution structure of the GS-TAMAPIN MUTATION R6A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2me7

タイトル

NMR solution structure of the GS-TAMAPIN MUTATION R6A

要素

Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4

キーワード

TOXIN / Scorpion toxin / tamapin / alpha KTx5.4 mutant R6A

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4

機能・相同性情報

生物種

Mesobuthus tamulus (サソリ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

del Rio-Portilla, F. / Ramirez-Cordero, B.

引用

ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 2014
タイトル: Cytotoxicity of recombinant tamapin and related toxin-like peptides on model cell lines.
著者: Ramirez-Cordero, B. / Toledano, Y. / Cano-Sanchez, P. / Hernandez-Lopez, R. / Flores-Solis, D. / Saucedo-Yanez, A.L. / Chavez-Uribe, I. / Brieba, L.G. / Del Rio-Portilla, F.

履歴

登録	2013年9月23日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2me7.cif.gz	187.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2me7.ent.gz	158 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2me7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/2me7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/2me7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ky3C 2lu9C 2melC 2menC 2meoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rbx-d 1zmm-4 2ky3-d 2n4n-d 2rty-d 1kls-d 2meo-d 6k50-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19519

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4

3.53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Potassium channel toxin alpha-KTx 5.4 / Tamapin 分子量: 3528.199 Da / 分子数: 1 / 変異: R8A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesobuthus tamulus (サソリ) / プラスミド: modified pEt32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59869
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 3.0 mM toxin, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 3.0 mM / 構成要素: toxin-1
試料状態	pH: 3.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software	名称: Amber / バージョン: 99 開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman 分類: 精密化
精密化	手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraints	NOE constraints total: 458 / NOE long range total count: 85 / NOE medium range total count: 83
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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