PDB-2mcc: Structural studies on dinuclear ruthenium(II) complexes that bind...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mcc

タイトル

Structural studies on dinuclear ruthenium(II) complexes that bind diastereoselectively to an anti-parallel folded human telomere sequence

要素

human_telomere_quadruplex

キーワード

DNA / quadruplex / complex / ruthenium

機能・相同性

Chem-RUL / DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Williamson, M.P. / Wilson, T. / Thomas, J.A. / Felix, V. / Costa, P.J.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Studies on Dinuclear Ruthenium(II) Complexes That Bind Diastereoselectively to an Antiparallel Folded Human Telomere Sequence.
著者: Wilson, T. / Costa, P.J. / Felix, V. / Williamson, M.P. / Thomas, J.A.

履歴

登録	2013年8月18日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mcc.cif.gz	101.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mcc.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mcc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2mcc_validation.pdf.gz	548.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mcc_full_validation.pdf.gz	626.5 KB	表示
XML形式データ	2mcc_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	2mcc_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/2mcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/2mcc	HTTPS FTP

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登録構造単位

A: human_telomere_quadruplex

ヘテロ分子

8.19 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	5 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: DNA鎖	human_telomere_quadruplex 分子量: 6983.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: standard chemistry, HPLC purified
#2: 化合物	ChemComp-RUL / tetrakis(2,2'-bipyridine-kappa~2~N~1~,N~1'~)(mu-tetrapyrido[3,2-a:2',3'-c:3'',2''-h:2''',3'''-j]phenazine-1kappa~2~N~4~,N~5~:2kappa~2~N~13~,N~14~)diruthenium(4+) 分子量: 1211.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₄H₄₄N₁₄Ru₂

-
実験

実験

手法: 溶液NMR
詳細: Complex between DNA quadruplex (human telomere) and DD-bisRuthenium ligand

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H COSY
1	4	1	2D 1H-31P HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 0.3 mM human telomere quadruplex, 0.3 mM LL-(Ru[bipy]2)tppz4+, 50 mM sodium chloride, 100% D2O
溶媒系: 100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
300 mM	human telomere quadruplex-1	1
300 mM	LL-(Ru[bipy]2)tppz4+-2	1
50 mM	sodium chloride-3	1

試料状態

イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.14	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH	2.14	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 7 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 0 / NOE sequential total count: 0

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 5 / Maximum lower distance constraint violation: 0.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.1 Å / Distance rms dev error: 0.05 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

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