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万見
- PDB-2mc1: Solution structure of the Vav1 SH2 domain complexed with a Syk-de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mc1
タイトルSolution structure of the Vav1 SH2 domain complexed with a Syk-derived singly phosphorylated peptide
要素
  • Proto-oncogene vav
  • Tyrosine-protein kinase SYK
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / SYK KINASE / TYROSINE KINASE / PHOSPHORYLATED PEPTIDE / PHOSPHOTYROSINE BINDING DOMAIN / B CELL SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 signaling through SRC family kinases / Interleukin-2 signaling / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling ...FLT3 signaling through SRC family kinases / Interleukin-2 signaling / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Integrin signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / interleukin-15 receptor binding / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonate secretion / cellular response to lectin / gamma-delta T cell differentiation / serotonin secretion by platelet / positive regulation of interleukin-3 production / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / phosphorylation-dependent protein binding / B cell receptor complex / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Toll-like receptor binding / Regulation of signaling by CBL / regulation of platelet aggregation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / leukocyte activation involved in immune response / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of mast cell degranulation / lymph vessel development / regulation of platelet activation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / cell activation / positive regulation of killing of cells of another organism / regulation of phagocytosis / beta selection / macrophage activation involved in immune response / cellular response to molecule of fungal origin / early phagosome / leukotriene biosynthetic process / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / interleukin-3-mediated signaling pathway / cellular response to lipid / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / Azathioprine ADME / regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / blood vessel morphogenesis / CD28 dependent Vav1 pathway / DAP12 signaling / natural killer cell mediated cytotoxicity / T cell receptor complex / positive regulation of B cell differentiation / leukocyte cell-cell adhesion / regulation of cell size / regulation of GTPase activity / mast cell degranulation / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / NRAGE signals death through JNK / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of interleukin-4 production / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / phospholipase binding / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / RAC2 GTPase cycle / positive regulation of bone resorption / phosphatase binding / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Erythropoietin activates RAS / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / neutrophil chemotaxis / phosphotyrosine residue binding / reactive oxygen species metabolic process / FCERI mediated Ca+2 mobilization / SH2 domain binding / B cell differentiation
類似検索 - 分子機能
VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain ...VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene vav / Tyrosine-protein kinase SYK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chen, C. / Piraner, D. / Gorenstein, N.M. / Geahlen, R.L. / Post, C.B.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2013
タイトル: Differential recognition of syk-binding sites by each of the two phosphotyrosine-binding pockets of the Vav SH2 domain.
著者: Chen, C.H. / Piraner, D. / Gorenstein, N.M. / Geahlen, R.L. / Beth Post, C.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene vav
B: Tyrosine-protein kinase SYK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9302
ポリマ－13,9302
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene vav


分子量: 12335.144 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 domain (UNP residues 664-767) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VAV1, VAV / プラスミド: PETTEV411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15498
#2: タンパク質・ペプチド Tyrosine-protein kinase SYK / Spleen tyrosine kinase


分子量: 1594.479 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 338-350 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P48025

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D (H)CCH-TOCSY
1413D H(CCO)NH
1513D C(CO)NH
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D 1H-13C NOESY aromatic
1912D 1H-1H TOCSY
11012D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 1 mM peptide, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMentity_2-21
20 mMTRIS-31
100 mMsodium chloride-41
1 mMDTT-51
0.02 %sodium azide-61
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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