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- PDB-2mbb: Solution Structure of the human Polymerase iota UBM1-Ubiquitin Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mbb
タイトルSolution Structure of the human Polymerase iota UBM1-Ubiquitin Complex
要素
  • Immunoglobulin G-binding protein G/DNA polymerase iota fusion protein
  • Polyubiquitin-B
キーワードTRANSFERASE / SIGNALING PROTEIN / Polymerase iota / UBM / UBM1 / ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / IgG binding / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / damaged DNA binding ...symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / IgG binding / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck / DNA repair / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily ...HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / YSIRK Gram-positive signal peptide / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G / Tail fiber / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Wang, S. / Zhou, P.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2014
タイトル: Sparsely-sampled, high-resolution 4-D omit spectra for detection and assignment of intermolecular NOEs of protein complexes.
著者: Wang, S. / Zhou, P.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G/DNA polymerase iota fusion protein
B: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7962
ポリマ－20,7962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1593 Å2
ΔGint-8.6 kcal/mol
Surface area6321 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G/DNA polymerase iota fusion protein


分子量: 11994.217 Da / 分子数: 1
断片: UNP P06654 residues 229-282, UNP Q9UNA4 residues 516-555
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. 'group G', Homo sapiens
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06654, UniProt: Q9UNA4
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B / Ubiquitin


分子量: 8802.056 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP P0CG47 residues 1-76 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1323D sparse-sampled HNCO
1423D sparse-sampled HNCA
1523D sparse-sampled HN(CA)CB
1623D sparse-sampled HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
1823D sparse-sampled HN(COCA)CB
1923D (HACA)CO(CA)NH
11023D sparse-sampled HA(CACO)NH
11123D sparse-sampled HA(CA)NH
11224D sparse-sampled HC(CO)NH-TOCSY
11324D sparse-sampled CHNH NOESY
11434D sparse-sampled CHCH NOESY
11544D sparse-sampled CHCH NOESY
11654D sparse-sampled CHCH NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13 mM [U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
23 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
33 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
43 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
53 mM GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
3 mMGB1-UBM1-1[U-100% 15N]1
3 mMubiquitin-2[U-100% 15N]1
100 mMpotassium chloride-31
25 mMsodium phosphate-41
3 mMGB1-UBM1-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
3 mMubiquitin-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
100 mMpotassium chloride-72
25 mMsodium phosphate-82
3 mMGB1-UBM1-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
3 mMubiquitin-10[U-100% 13C; U-100% 15N]3
100 mMpotassium chloride-113
25 mMsodium phosphate-123
3 mMGB1-UBM1-13[U-100% 13C; U-100% 15N]4
3 mMubiquitin-144
100 mMpotassium chloride-154
25 mMsodium phosphate-164
3 mMGB1-UBM1-175
3 mMubiquitin-18[U-100% 13C; U-100% 15N]5
100 mMpotassium chloride-195
25 mMsodium phosphate-205
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
SCRUBCoggins and Zhou解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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