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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mas | ||||||
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タイトル | PURINE NUCLEOSIDE HYDROLASE WITH A TRANSITION STATE INHIBITOR | ||||||
![]() | INOSINE-URIDINE NUCLEOSIDE N-RIBOHYDROLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / PURINE NUCLEOSIDE HYDROLASE / INOSINE / URIDINE / IU-NH / PURINE NUCLEOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() inosine nucleosidase / uridine nucleosidase / inosine nucleosidase activity / uridine nucleosidase activity / nucleotide metabolic process / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Degano, M. / Schramm, V.L. / Sacchettini, J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Trypanosomal nucleoside hydrolase. A novel mechanism from the structure with a transition-state inhibitor. 著者: Degano, M. / Almo, S.C. / Sacchettini, J.C. / Schramm, V.L. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Inosine-Uridine Nucleoside N-Ribohydrolase from Crithidia Fasciculata 著者: Degano, M. / Gopaul, D.N. / Scapin, G. / Schramm, V.L. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 250.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 404.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1masS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34206.480 Da / 分子数: 4 / 変異: P2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-PIR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 3% ISOPROPANOL, pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月16日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最低解像度: 2.3 Å / Num. obs: 73166 / % possible obs: 80.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.31 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 75.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: UNLIGANDED IU-NH (PDB CODE 1MAS), WATERS AND IONS REMOVED 最高解像度: 2.3 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms dev Biso : 1.5 Å2 / Rms dev position: 0.04 Å / Weight Biso : 3 / Weight position: 500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.323 |