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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mak | ||||||
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タイトル | Solution structure of the STIM1 CC1-CC2 homodimer in complex with two Orai1 C-terminal domains. | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN / STIM1 / Orai1 / coiled-coil (コイルドコイル) / Orai1 C-terminal domain / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / SIGNALING PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / regulation of store-operated calcium entry / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / store-operated calcium channel activity / enamel mineralization / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cortical endoplasmic reticulum / positive regulation of adenylate cyclase activity / mammary gland epithelium development ...store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / regulation of store-operated calcium entry / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / store-operated calcium channel activity / enamel mineralization / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cortical endoplasmic reticulum / positive regulation of adenylate cyclase activity / mammary gland epithelium development / positive regulation of calcium ion transport / microtubule plus-end binding / calcium ion import / ligand-gated ion channel signaling pathway / plasma membrane raft / regulation of calcium ion transport / detection of calcium ion / calcium channel regulator activity / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / positive regulation of insulin secretion / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / basolateral plasma membrane / 微小管 / protease binding / 獲得免疫系 / calmodulin binding / 脂質ラフト / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Stathopulos, P.B. / Ikura, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013 タイトル: STIM1/Orai1 coiled-coil interplay in the regulation of store-operated calcium entry. 著者: Stathopulos, P.B. / Schindl, R. / Fahrner, M. / Zheng, L. / Gasmi-Seabrook, G.M. / Muik, M. / Romanin, C. / Ikura, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mak.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mak.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mak.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2mak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2mak | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2majC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9702.989 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 312-387 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STIM1, GOK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13586 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2654.804 Da / 分子数: 2 / 断片: Orai1 C-terminal domain, UNP residues 272-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORAI1, CRACM1, TMEM142A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96D31 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.02 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Used the RECOORD scripts in CNS to water refine the CYANA-determined structures (Nederveen et al., Proteins. 2005 Jun 1;59(4):662-72). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 2760 / NOE intraresidue total count: 676 / NOE long range total count: 233 / NOE medium range total count: 944 / NOE sequential total count: 907 / Hydrogen bond constraints total count: 280 / Protein phi angle constraints total count: 176 / Protein psi angle constraints total count: 176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 4.13 ° / Maximum upper distance constraint violation: -0.22 Å Torsion angle constraint violation method: RECOORD in CNS (Proteins. 2005 Jun 1;59(4):662-72) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.023 Å / Distance rms dev error: 0.001 Å |