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万見
- PDB-2ma9: HIV-1 Vif SOCS-box and Elongin BC solution structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ma9
タイトルHIV-1 Vif SOCS-box and Elongin BC solution structure
要素
  • Transcription elongation factor B polypeptide 1
  • Transcription elongation factor B polypeptide 2
  • Virion infectivity factor
キーワードVIRAL PROTEIN/PROTEIN BINDING / HIV-1 Vif SOCS-box / Elongin BC / VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript ...target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / viral life cycle / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / virion component / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / RNA binding / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family ...Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion infectivity factor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lu, Z. / Bergeron, J.R. / Atkinson, R.A. / Schaller, T. / Veselkov, D.A. / Oregioni, A. / Yang, Y. / Matthews, S.J. / Malim, M.H. / Sanderson, M.R.
引用ジャーナル: OPEN BIOLOGY / 年: 2013
タイトル: Insight into the HIV-1 Vif SOCS-box-ElonginBC interaction.
著者: Lu, Z. / Bergeron, J.R. / Atkinson, R.A. / Schaller, T. / Veselkov, D.A. / Oregioni, A. / Yang, Y. / Matthews, S.J. / Malim, M.H. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2013年7月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virion infectivity factor
B: Transcription elongation factor B polypeptide 2
C: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4833
ポリマ－27,4833
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Virion infectivity factor / Vif / SOR protein / Virion infectivity factor p17 / Virion infectivity factor p7


分子量: 4117.922 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 139-174 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: vif / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12504
#2: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 2 / Elongin 18 kDa subunit / Elongin-B / EloB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB2 / プラスミド: pETDUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 1 / Elongin 15 kDa subunit / Elongin-C / EloC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15


分子量: 10217.662 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB1 / プラスミド: pETDUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-13C NOESY
1413D 1H-15N NOESY
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D HNCO
1713D CBCA(CO)NH
1813D HN(CA)CB
1913D HNCA
11013D HN(CA)CO
11113D HNHA
11213D (H)CCH-COSY
11322D 1H-15N HSQC
11433D HNCO
11533D CBCA(CO)NH
11633D HNCA
11733D HN(CA)CB
11833D HN(CA)CO
11923D HNHA
12023D 1H-13C NOESY
12123D 1H-15N NOESY
12223D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Vif SOCS, 0.2 mM Elongin B, 0.2 mM Elongin C, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.2 mM Vif SOCS, 0.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Elongin B, 0.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Elongin C, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.2 mM Vif SOCS, 0.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Elongin B, 0.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Elongin C, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMVif SOCS-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.2 mMElongin B-21
0.2 mMElongin C-31
0.2 mMVif SOCS-42
0.2 mMElongin B-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.2 mMElongin C-6[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.2 mMVif SOCS-73
0.2 mMElongin B-8[U-99% 13C; U-99% 15N]3
0.2 mMElongin C-9[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe5.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin3Bruker Biospincollection
CCPN2.2CCPNchemical shift assignment
CCPN2.2CCPNchemical shift calculation
CCPN2.2CCPNpeak picking
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax構造決定
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
HADDOCKAlexandre Bonvin構造決定
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STARTING STRUCTURE OF HADDOCK DOCKING IS PDB ENTRY 3DCG.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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