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- PDB-2m6y: The solution structure of the J-domain of human DnaJA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m6y
タイトルThe solution structure of the J-domain of human DnaJA1
要素DnaJ homolog subfamily A member 1
キーワードCHAPERONE / protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of JUN kinase activity / regulation of protein transport / C3HC4-type RING finger domain binding / flagellated sperm motility / Tat protein binding / protein localization to mitochondrion / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / low-density lipoprotein particle receptor binding / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of JUN kinase activity / regulation of protein transport / C3HC4-type RING finger domain binding / flagellated sperm motility / Tat protein binding / protein localization to mitochondrion / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / low-density lipoprotein particle receptor binding / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / ATPase activator activity / androgen receptor signaling pathway / response to unfolded protein / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / negative regulation of protein ubiquitination / Hsp70 protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / G protein-coupled receptor binding / unfolded protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / microtubule cytoskeleton / response to heat / protein refolding / spermatogenesis / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DnaJ homolog subfamily A member 1/2-like / Chaperone DnaJ / DnaJ central domain / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain / Zinc finger CR-type profile. / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / DnaJ domain / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain ...DnaJ homolog subfamily A member 1/2-like / Chaperone DnaJ / DnaJ central domain / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain / Zinc finger CR-type profile. / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / DnaJ domain / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaJ homolog subfamily A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Stark, J.L. / Mehla, K. / Chaika, N. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Singh, P.K. / Montelione, G.T. / Powers, R. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure and function of human DnaJ homologue subfamily a member 1 (DNAJA1) and its relationship to pancreatic cancer.
著者: Stark, J.L. / Mehla, K. / Chaika, N. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Singh, P.K. / Montelione, G.T. / Powers, R.
履歴
登録2013年4月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaJ homolog subfamily A member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0951
ポリマ－9,0951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DnaJ homolog subfamily A member 1 / DnaJ protein homolog 2 / HSDJ / Heat shock 40 kDa protein 4 / Heat shock protein J2 / HSJ-2 / Human ...DnaJ protein homolog 2 / HSDJ / Heat shock 40 kDa protein 4 / Heat shock protein J2 / HSJ-2 / Human DnaJ protein 2 / hDj-2


分子量: 9095.297 Da / 分子数: 1 / 断片: J-domain (UNP residues 1-67) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNAJA1, DNAJ2, HDJ2, HSJ2, HSPF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31689

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CA)CO
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D CBCA(CO)NH
1813D CBCANH
1913D HNHA
11013D HBHA(CO)NH
11113D CC(CO)NH
11213D HCC(CO)NH
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D (H)CCH-COSY
11513D 1H-15N NOESY
11613D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.03 mM [U-13C; U-15N] J-domain of DnaJA1, 20 mM MES, 0.02 % sodium azide, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.03 mMJ-domain of DnaJA1-1[U-13C; U-15N]1
20 mMMES-21
0.02 %sodium azide-31
10 mMDTT-41
5 mMcalcium chloride-51
100 mMsodium chloride-61
50 uMDSS-71
試料状態イオン強度: 125 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.2.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.2.2CCPNデータ解析
CcpNmr Analysis2.2.2CCPNpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PSVSBhattacharya and Montelionestructure validation
TopSpinBruker Biospincollection
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
精密化手法: distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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