PDB-2m6p: The actinobacterial transcription factor RbpA binds to the princi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m6p

タイトル

The actinobacterial transcription factor RbpA binds to the principal sigma subunit of RNA polymerase

要素

uncharacterized protein Mb2076

キーワード

TRANSCRIPTION / mv2050 / MTB / RNAP / Sigma factor

機能・相同性

RNA polymerase-binding protein A / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium bovis (結核菌)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Liu, B. / Parsy, M. / Paget, M. / Matthews, S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: The actinobacterial transcription factor RbpA binds to the principal sigma subunit of RNA polymerase.
著者: Tabib-Salazar, A. / Liu, B. / Doughty, P. / Lewis, R.A. / Ghosh, S. / Parsy, M.L. / Simpson, P.J. / O'Dwyer, K. / Matthews, S.J. / Paget, M.S.

履歴

登録	2013年4月6日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m6p.cif.gz	156.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m6p.ent.gz	130 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2m6oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ysg-d 1y7k-d 2n69-d 1bj6-d 2dcw-d 6haj-1 3c6w-2 6r5m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19149

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein Mb2076

5.21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	uncharacterized protein Mb2076 分子量: 5213.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 株: ATCC BAA-935 / AF2122/97 / 遺伝子: Mb2076 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TZ33

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D C(CO)NH
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D C(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HNCA
1	7	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	9	1	3D HBHA(CO)NH
1	10	1	3D 1H-15N NOESY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 3 mM beta-mercaptoethanol, 500 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 100% D2O
溶媒系: 100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
3 mM	beta-mercaptoethanol-1	1
500 mM	sodium chloride-2	1
20 mM	TRIS-3	1

試料状態

イオン強度: 0.5 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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