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万見
- PDB-2m5w: NMR Solution Structure of the La motif (N-terminal Domain, NTD) o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m5w
タイトルNMR Solution Structure of the La motif (N-terminal Domain, NTD) of Dictyostelium discoideum La protein
要素Lupus La protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Lupus protein / La motif
機能・相同性
機能・相同性情報


phagocytic vesicle / RNA processing / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法溶液NMR / molecular dynamics, restrained energy minimization
Model type detailsminimized average
データ登録者Vourtsis, D.J. / Chasapis, C.T. / Apostolidi, M. / Stathopoulos, C. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structure of the La motif (N-terminal Domain, NTD) of Dictyostelium discoideum La protein
著者: Vourtsis, D.J. / Chasapis, C.T. / Apostolidi, M. / Stathopoulos, C. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A.
#1: ジャーナル: BIOMOL.NMR ASSIGN.
タイトル: (1)H, (15)N, (13)C assignment and secondary structure determination of two domains of La protein from D. discoideum.
著者: Apostolidi, M. / Vourtsis, D.J. / Chasapis, C.T. / Stathopoulos, C. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A.
履歴
登録2013年3月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lupus La protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5481
ポリマ－10,5481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)31 / 31target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Lupus La protein


分子量: 10547.895 Da / 分子数: 1 / 断片: La-type RNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: DDB_0204655, DDB_G0281763 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q54TG6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D HNCO
1523D HNCA
1623D HN(CA)CB
1723D HN(CO)CA
1823D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.37 mM [U-98% 15N] La-type RNA-binding domain, 50 mM buffer salts, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.37 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] La-type RNA-binding domain, 50 mM buffer salts, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.37 mMLa-type RNA-binding domain-1[U-98% 15N]1
50 mMbuffer salts-21
0.37 mMLa-type RNA-binding domain-3[U-98% 13C; U-98% 15N]2
50 mMbuffer salts-42
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker DPXBrukerDPX4002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
AMBER_5.0Case, D.A. et al.精密化
精密化手法: molecular dynamics, restrained energy minimization / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 951 / NOE intraresidue total count: 205 / NOE long range total count: 118 / NOE medium range total count: 223 / NOE sequential total count: 405
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 31 / 登録したコンフォーマーの数: 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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