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万見
- PDB-2m5e: Structure of the C-domain of Calcium-saturated Calmodulin bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m5e
タイトルStructure of the C-domain of Calcium-saturated Calmodulin bound to the IQ motif of NaV1.2
要素
  • Calmodulin
  • Sodium channel protein type 2 subunit alpha
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN/METAL TRANSPORT / Calcium Binding Protein / NaV1.2 / Ion Channel Gating / IQ Motif / Metal Binding / Sodium Channels / Metal Transport / Voltage Dependent / Voltage Gated / Calcium Binding Protein-Metal Transport Complex / Neuronal Peptides / EF-Hand / CALCIUM-BINDING PROTEIN-METAL TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine zipper domain binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / corpus callosum development / paranode region of axon / membrane depolarization during action potential / dentate gyrus development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / axon initial segment / node of Ranvier ...leucine zipper domain binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / corpus callosum development / paranode region of axon / membrane depolarization during action potential / dentate gyrus development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / axon initial segment / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / optic nerve development / sodium ion transport / axon development / intercalated disc / neuronal action potential / enzyme regulator activity / T-tubule / myelination / sodium ion transmembrane transport / determination of adult lifespan / cerebral cortex development / memory / nervous system development / presynaptic membrane / neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / calmodulin binding / axon / calcium ion binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site ...Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel protein type 2 subunit alpha / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model 1
Model type detailsminimized average
データ登録者Fowler, C.A. / Feldkamp, M.D. / Yu, L. / Shea, M.A.
引用
ジャーナル: Biophys. Chem. / 年: 2017
タイトル: Calcium triggers reversal of calmodulin on nested anti-parallel sites in the IQ motif of the neuronal voltage-dependent sodium channel NaV1.2.
著者: Hovey, L. / Fowler, C.A. / Mahling, R. / Lin, Z. / Miller, M.S. / Marx, D.C. / Yoder, J.B. / Kim, E.H. / Tefft, K.M. / Waite, B.C. / Feldkamp, M.D. / Yu, L. / Shea, M.A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural and Energetic Determinants of Apo Calmodulin Binding to the IQ Motif of the NaV1.2 Voltage-Dependent Sodium Channel
著者: Feldkamp, M.D. / Yu, L. / Shea, M.A.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Sodium channel protein type 2 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8674
ポリマ－11,7862
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 8416.313 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 77-149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)
株: d4-2 / 遺伝子: CAM, GSPATT00015825001 / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07463
#2: タンパク質・ペプチド Sodium channel protein type 2 subunit alpha / Sodium channel protein brain II subunit alpha / Sodium channel protein type II subunit alpha / ...Sodium channel protein brain II subunit alpha / Sodium channel protein type II subunit alpha / Voltage-gated sodium channel subunit alpha Nav1.2


分子量: 3370.088 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1901-1927 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Scn2a, Scn2a1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04775
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HMQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HN(CA)CB
1613D HN(COCA)CB
1713D HNCO
1813D HN(CA)CO
1913D C(CO)NH
11013D H(CCO)NH
11113D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY
11323D (H)CCH-TOCSY
11412D 1H-15N HSQC
11522D 1H-13C HMQC
11623D 1H-13C edited, 12C filtered NOESY
11712D 1H-1H doubly 12C,14N filtered NOESY
11812D 1H-1H 12C,14N filtered TOCSY
11922D 1H-1H 12C filtered NOESY
12022D 1H-1H 12C,14N filtered TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of Calmodulin, 1.5 mM IQ motif peptide of NaV1.2, 3.3 mM CALCIUM ION, 10 mM [U-2H] imidazole, 100 mM potassium chloride, 0.01 % sodium azide, 50 uM [U-2H] EDTA, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-domain of Calmodulin, 1.5 mM IQ motif peptide of NaV1.2, 3.3 mM CALCIUM ION, 10 mM [U-2H] imidazole, 100 mM potassium chloride, 0.01 % sodium azide, 50 uM [U-2H] EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMC-domain of Calmodulin-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.5 mMIQ motif peptide of NaV1.2-21
3.3 mMCALCIUM ION-31
10 mMimidazole-4[U-2H]1
100 mMpotassium chloride-51
0.01 %sodium azide-61
50 uMEDTA-7[U-2H]1
1.5 mMC-domain of Calmodulin-8[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1.5 mMIQ motif peptide of NaV1.2-92
3.3 mMCALCIUM ION-102
10 mMimidazole-11[U-2H]2
100 mMpotassium chloride-122
0.01 %sodium azide-132
50 uMEDTA-14[U-2H]2
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II5001
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
Sparky3.115Goddardpeak picking
Sparky3.115Goddardデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
Analysis2.1.5CCPNpeak picking
Analysis2.1.5CCPNchemical shift assignment
Analysis2.1.5CCPNデータ解析
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
CNSSOLVE1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSSOLVE1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSSOLVE1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readデータ解析
X-PLOR NIH2.23Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.23Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloreデータ解析
ProcheckNMR3.5.4Laskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: RESIDUES 1901-1903 AND 1925-1927 IN THE PEPTIDE ARE COMPLETELY UNRESTRAINED
NMR constraintsNOE constraints total: 2721 / NOE intraresidue total count: 492 / NOE long range total count: 399 / NOE medium range total count: 415 / NOE sequential total count: 393
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 21
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0039 Å / Distance rms dev error: 0.0001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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