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万見
- PDB-2m5b: The NMR structure of the BID-BAK complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m5b
タイトルThe NMR structure of the BID-BAK complex
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • human_BID_BH3_SAHB
キーワードAPOPTOSIS / BCL-2 family effector BAK / BH3-only protein BID / effector direct activation / NMR solution structure of BID-BAK complex / mitochondrial outer membrane premeabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / positive regulation of fibroblast apoptotic process ...cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / positive regulation of fibroblast apoptotic process / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / B cell apoptotic process / regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / establishment of protein localization to membrane / death receptor binding / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / positive regulation of mitochondrial membrane potential / myeloid cell homeostasis / protein targeting to mitochondrion / porin activity / thymocyte apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pore complex / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / apoptotic mitochondrial changes / vagina development / regulation of T cell proliferation / B cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of proteolysis / signal transduction in response to DNA damage / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / Activation of BAD and translocation to mitochondria / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / heat shock protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / establishment of localization in cell / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / response to ethanol / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. ...BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Moldoveanu, T. / Grace, C.R. / Kriwacki, R.W. / Green, D.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: BID-induced structural changes in BAK promote apoptosis.
著者: Moldoveanu, T. / Grace, C.R. / Llambi, F. / Nourse, A. / Fitzgerald, P. / Gehring, K. / Kriwacki, R.W. / Green, D.R.
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: human_BID_BH3_SAHB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4832
ポリマ－21,4832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 18950.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK, BAK1, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: タンパク質・ペプチド human_BID_BH3_SAHB


分子量: 2532.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P55957*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1412D 1H-13C HSQC aromatic
1512D 1H-1H TOCSY
1612D 1H-1H COSY
1713D CBCA(CO)NH
1813D HNCA
1913D HN(CA)CB
11013D HBHA(CBCACO)NH
11113D 1H (H)CCH-TOCSY
11213D 13C-detected HCC-TOCSY
11312D 1H-15N TROSY
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-15N TOCSY
11613D 1H-13C NOESY
11713D 1H-13C NOESY aliphatic
11813D 1H-13C NOESY aromatic
11912D 13C-1H TROSY
12013D 13C/15N half-filtered 15N-edited NOESY
12113D 13C/15N half-filtered 13C-edited NOESY

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試料調製

詳細内容: ~0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] human cBAK, ~0.5 mM human BID BH3 SAHB, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMhuman cBAK-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.5 mMhuman BID BH3 SAHB-21
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospin構造決定
TopSpinKeller and Wuthrich解析
TopSpinKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpinKeller and Wuthrich構造決定
TopSpinGuntert, Mumenthaler and Wuthrich解析
TopSpinGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpinGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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