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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m4e
タイトルSolution NMR structure of VV2_0175 from Vibrio vulnificus, NESG target VnR1 and CSGID target IDP91333
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / pathogenic bacterial protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Uncharacterised protein PF16691 family / Protein of unknown function DUF5062 / DUF5062 superfamily / Domain of unknown function (DUF5062) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / DUF5062 domain-containing protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Wu, B. / Yee, A. / Houliston, S. / Lemak, A. / Garcia, M. / Savchenko, A. / Arrowsmith, C.H. / Anderson, W.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of VV2_0175 from Vibrio vulnificus, NESG target VnR1 and CSGID target IDP91333
著者: Wu, B. / Yee, A. / Houliston, S. / Lemak, A. / Garcia, M. / Savchenko, A. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Other
改定 1.22017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2741
ポリマ－12,2741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 12274.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: VV2_0175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8D7H8, UniProt: A0A3Q0KXE9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D CBCA(CO)NH
1313D HBHA(CO)NH
1413D HNCA
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D CCH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D 1H-13C NOESY aromatic
11022D 1H-13C HSQC
11113D HN(CA)CB
11213D HNCB
11313D C(CO)NH
11413D H(CCO)NH
11513D (H)CCH-COSY
11613D TOCSY-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VV2_0175, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 0.01 % NaN3, 10 mM benzamidine, 1 % inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.2 mM [U-7% 13C; U-100% 15N] VV2_0175, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 0.01 % NaN3, 10 mM benzamidine, 1 % inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMVV2_0175-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTRIS-2[U-100% 2H]1
300 mMsodium chloride-31
10 mMDTT-4[U-100% 2H]1
0.01 %NaN3-51
10 mMbenzamidine-61
1 %inhibitor cocktail-71
0.2 mMVV2_0175-8[U-7% 13C; U-100% 15N]2
10 mMTRIS-9[U-100% 2H]2
300 mMsodium chloride-102
10 mMDTT-11[U-100% 2H]2
0.01 %NaN3-122
10 mMbenzamidine-132
1 %inhibitor cocktail-142
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MDDGUI1Gutmanas, Arrowsmith解析
Sparky3.95Goddardデータ解析
FMCGUI2.4Lemak, Arrowsmithchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelionenmr structure quality assessment
PSVSBhattacharya and Montelionenmr structure quality assessment
FAWNLemak, Arrowsmithchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The heterogeneity of viv0002 expressed in Escherichia coli BL21 (DE3) was observed. Three extra peaks in 15N HSQC and more than 25 extra peaks in 13C HSQC were identified. These peaks are ...詳細: The heterogeneity of viv0002 expressed in Escherichia coli BL21 (DE3) was observed. Three extra peaks in 15N HSQC and more than 25 extra peaks in 13C HSQC were identified. These peaks are grouped into three fragments, one assigned as GlcNAc, the other two fragments could not be accurately assigned given the limited information we have, but they are likely to belong to glycans. These fragments display intra NOEs only and remain solvent exposed with strong and narrow line widths. NMR relaxation data showed that these unknown modifications are highly mobile and no interaction with viv0002. Heterologously expressed viv0002 was confirmed by LC-MS. A mass shift of 178 Da of 15N-labeled viv0002 was detected whereas a shift of 72 Da for 13C/15N-labeled sample. However, neither of results matches any three unknown fragments seen in the NMR spectrum with MW 202 Da, 155 Da and 204 Da, respectively. The nature and functional consequence of the unknown fragments/modifications to viv0002 are not understood at this stage. The structure deposited provides the basis of the future investigation.
NMR constraintsNOE constraints total: 2122 / NOE intraresidue total count: 384 / NOE long range total count: 687 / NOE medium range total count: 649 / NOE sequential total count: 402 / Hydrogen bond constraints total count: 70 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 57 / Protein psi angle constraints total count: 57
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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