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- PDB-2m41: Solution Structure of the AXH domain of Ataxin-1 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m41
タイトルSolution Structure of the AXH domain of Ataxin-1 in complex with ligand peptide from Capicua
要素
  • Ataxin-1
  • Protein capicua homolog
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / protein/protein / Ataxin-1 AXH-CIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(G) binding / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / POZ domain binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / lung alveolus development / positive regulation of glial cell proliferation / social behavior / RNA processing ...poly(G) binding / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / POZ domain binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / lung alveolus development / positive regulation of glial cell proliferation / social behavior / RNA processing / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / learning / adult locomotory behavior / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / excitatory postsynaptic potential / brain development / visual learning / nuclear matrix / memory / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / postsynapse / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ataxin-1, N-terminal / Domain of unknown function DUF4819 / ATAXIN1-like / : / : / Ataxin-1 like family / Protein capicua homolog-like domain / Protein capicua homolog-like, C-terminal tri-helical domain / : / Ataxin, AXH domain ...Ataxin-1, N-terminal / Domain of unknown function DUF4819 / ATAXIN1-like / : / : / Ataxin-1 like family / Protein capicua homolog-like domain / Protein capicua homolog-like, C-terminal tri-helical domain / : / Ataxin, AXH domain / Ataxin, AXH domain superfamily / Ataxin-1 and HBP1 module (AXH) / AXH domain profile. / domain in Ataxins and HMG containing proteins / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ataxin-1 / Protein capicua homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model19
データ登録者de Chiara, C. / Kelly, G. / Pastore, A.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Protein-Protein Interactions as a Strategy towards Protein-Specific Drug Design: The Example of Ataxin-1.
著者: de Chiara, C. / Menon, R.P. / Kelly, G. / Pastore, A.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: 1H,13C, and 15N resonance assignment of the ataxin-1 AXH domain in complex with CIC ligand peptide
著者: de Chiara, C. / Kelly, G. / Pastore, A.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein capicua homolog
B: Ataxin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5032
ポリマ－15,5032
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Protein capicua homolog


分子量: 1726.003 Da / 分子数: 1 / 断片: Ataxin-1-binding linear motif (UNP 34-48) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RK0
#2: タンパク質 Ataxin-1 / Spinocerebellar ataxia type 1 protein


分子量: 13776.670 Da / 分子数: 1 / 断片: AXH domain, native residues A567-K689 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATXN1, ATX1, SCA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54253

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 1H-15N NOESY
1223D 1H-15N TOCSY
1313D 1H-13C NOESY
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCA
1713D HNCO
1813D 15N-13C-filtered, 15N-13C-edited NOESY
1912D 15N-13C-rejected NOESY
11013D C(CO)NH
11113D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMAtaxin-1 AXH domain-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.6 mMCIC polypeptide-21
0.5 mMAtaxin-1 AXH domain-3[U-100% 15N]2
0.6 mMCIC polypeptide-42
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Varian INOVAVarianINOVA6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesautomated noes assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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