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- PDB-2m3o: Structure and dynamics of a human Nedd4 WW domain-ENaC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m3o
タイトルStructure and dynamics of a human Nedd4 WW domain-ENaC complex
要素
  • Amiloride-sensitive sodium channel subunit alpha
  • E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / WW domain / ENaC / Ubiquitin E3 ligase / PEPTIDE BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory perception of salty taste / formation of structure involved in a symbiotic process / Sensory perception of salty taste / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / sensory perception of sour taste / cellular response to vasopressin / sperm principal piece / sodium channel complex / negative regulation of sodium ion transport / ligand-gated sodium channel activity ...sensory perception of salty taste / formation of structure involved in a symbiotic process / Sensory perception of salty taste / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / sensory perception of sour taste / cellular response to vasopressin / sperm principal piece / sodium channel complex / negative regulation of sodium ion transport / ligand-gated sodium channel activity / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / viral budding / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / sodium ion homeostasis / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / phosphothreonine residue binding / receptor catabolic process / cellular response to aldosterone / protein targeting to lysosome / apicolateral plasma membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / cellular response to acidic pH / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / sodium ion import across plasma membrane / HECT-type E3 ubiquitin transferase / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / sodium channel inhibitor activity / motile cilium / proline-rich region binding / RNA polymerase binding / beta-2 adrenergic receptor binding / lysosomal transport / ciliary membrane / WW domain binding / neuromuscular junction development / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of synapse organization / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / protein K63-linked ubiquitination / phosphoserine residue binding / regulation of macroautophagy / sodium ion transmembrane transport / progesterone receptor signaling pathway / ubiquitin ligase complex / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of PTEN localization / acrosomal vesicle / regulation of membrane potential / ubiquitin binding / receptor internalization / Stimuli-sensing channels / ISG15 antiviral mechanism / regulation of blood pressure / Regulation of PTEN stability and activity / response to calcium ion / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / neuron projection development / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cell cortex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / dendritic spine / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / apical plasma membrane / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / innate immune response / DNA damage response / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain ...Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Single Sheet / C2 domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amiloride-sensitive sodium channel subunit alpha / E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bobby, R. / Medini, K. / Neudecker, P. / Lee, V. / MacDonald, F.J. / Brimble, M.A. / Lott, J. / Dingley, A.J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structure and dynamics of human Nedd4-1 WW3 in complex with the alpha ENaC PY motif.
著者: Bobby, R. / Medini, K. / Neudecker, P. / Lee, T.V. / Brimble, M.A. / McDonald, F.J. / Lott, J.S. / Dingley, A.J.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
P: Amiloride-sensitive sodium channel subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0302
ポリマ－6,0302
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4 / Cell proliferation-inducing gene 53 protein / Neural precursor cell expressed developmentally down- ...Cell proliferation-inducing gene 53 protein / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 4 / NEDD-4


分子量: 4971.609 Da / 分子数: 1 / 断片: third WW domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD4, KIAA0093, NEDD4-1, PIG53 / プラスミド: pET42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P46934
#2: タンパク質・ペプチド Amiloride-sensitive sodium channel subunit alpha / Alpha-NaCH / Epithelial Na(+) channel subunit alpha / Alpha-ENaC / ENaCA / Nonvoltage-gated sodium ...Alpha-NaCH / Epithelial Na(+) channel subunit alpha / Alpha-ENaC / ENaCA / Nonvoltage-gated sodium channel 1 subunit alpha / SCNEA


分子量: 1058.184 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha ENaC PY peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P37088

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-15N TOCSY
11113D 1H-13C NOESY
11222D CBCA(CO)NH
11322D C(CO)NH
11422D HNCO
11522D HN(CA)CB
11623D (H)CCH-TOCSY
11723D 1H-15N NOESY
11823D 1H-15N TOCSY
11923D 1H-13C NOESY
12022D 1H-15N NOESY
12122D 1H-13C NOESY
12223D 15N/13C-EDITED NOESY
12322D 13C-edited/filtered NOESY
12412D long-range HNCO
12532D 1H-15N R2 relaxation
12632D 1H-15N R1 relaxation
12732D 1H-15N heteronuclear NOE
12832D 1H-15N R1rho relaxation
12932D 1H-15N R1 relaxation
13032D 1H-15N heteronuclear NOE
13132D 1H-15N R1rho relaxation
13232D 1H-15N R1 relaxation
13332D 1H-15N heteronuclear NOE
13413D HCAN
13522D HCAN
13612D (HB)CB(CGCD)HD
13712D (HB)CB(CGCDCE)HE
13822D HBCBCACONHAN
13922D HBCBCACONHACA
14032D 15N CPMG dispersion
14132D 15N CPMG dispersion

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nedd4 WW3* domain, 2.2 mM alpha ENaC PY peptide, 20 mM sodium phosphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM TSP, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
23.0 mM Nedd4 WW3* domain, 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] alpha ENaC PY peptide, 20 mM sodium phosphate, 0.1 % sodium azide, 1.0 mM TSP, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
31.61 mM [U-99% 15N] Nedd4 WW3* domain, 4.38 mM alpha ENaC PY peptide, 20 mM sodium phosphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM TSP, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMNedd4 WW3* domain-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2.2 mMalpha ENaC PY peptide-21
20 mMsodium phosphate-31
0.1 %sodium azide-41
1 mMTSP-51
3.0 mMNedd4 WW3* domain-62
1.5 mMalpha ENaC PY peptide-7[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate-82
0.1 %sodium azide-92
1.0 mMTSP-102
1.61 mMNedd4 WW3* domain-11[U-99% 15N]3
4.38 mMalpha ENaC PY peptide-123
20 mMsodium phosphate-133
0.1 %sodium azide-143
1 mMTSP-153
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian Direct DriveVarianDirect Drive8002
Varian Direct DriveVarianDirect Drive9003
Varian Unity INOVAVarianUnity INOVA6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1pl3Bruker Biospincollection
CcpNMR2.07CCPNpeak picking
CcpNMR2.07CCPNchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
relax2.0.0d'Auvergne, E. J. and Gooley, P. R.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT AGAINST DISTANCE, TORSION ANGLE AND RDC CONSTRAINTS IN A 8 ANGSTROM WATER SHELL, USING A MODIFIED VERSION OF THE WATERREFCNS SCRIPTS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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