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万見
- PDB-2m3l: Solution structure of the C-terminal zinc-binding domain of HPV51... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m3l
タイトルSolution structure of the C-terminal zinc-binding domain of HPV51 oncoprotein E6
要素Protein E6
キーワードONCOPROTEIN / Papillomavirus E6 Proteins / HPV / Oncoprotein E6 / Zinc Fingers / E6 / Viral / Oncogene Proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / regulation of proteolysis / PDZ domain binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus ...symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / regulation of proteolysis / PDZ domain binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
E6 early regulatory protein / CRO Repressor / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human papillomavirus type 51 (パピローマウイルス)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Mischo, A. / Ohlenschlager, O. / Gorlach, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural insights into a wildtype domain of the oncoprotein E6 and its interaction with a PDZ domain.
著者: Mischo, A. / Ohlenschlager, O. / Hortschansky, P. / Ramachandran, R. / Gorlach, M.
履歴
登録2013年1月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0172
ポリマ－8,9511
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein E6


分子量: 8951.210 Da / 分子数: 1 / 断片: E6, UNP residues 80-151 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 51 (パピローマウイルス)
株: TYPE 51 / 遺伝子: E6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) / 参照: UniProt: P26554
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HN(CA)CB
1513D HNHA
1613D 1H-15N NOESY
1723D 1H-13C HSQC NOESY aliphatic
1823D 1H-13C NOESY aromatic
1923D (H)CCH-COSY
11013D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.13 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E6, 90 mM sodium chloride, 45 mM L-arginine, 45 mM L-glutamate, 9 mM DTT, 0.05 w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E6, 90 mM sodium chloride, 45 mM L-arginine, 45 mM L-glutamate, 9 mM DTT, 0.05 w/v sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.13 mME6-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
90 mMsodium chloride-21
45 mML-arginine-31
45 mML-glutamate-41
9 mMDTT-51
0.05 w/vsodium azide-61
0.9 mME6-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
90 mMsodium chloride-82
45 mML-arginine-92
45 mML-glutamate-102
9 mMDTT-112
0.05 w/vsodium azide-122
試料状態イオン強度: 180 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III7501
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection & processing
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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