PDB-2m3i: Characterization of a Novel Alpha4/6-Conotoxin TxIC from Conus te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m3i

タイトル

Characterization of a Novel Alpha4/6-Conotoxin TxIC from Conus textile that Potently Blocks alpha3beta4 Nicotinic Acetylcholine Receptors

要素

Alpha-conotoxin

キーワード

TOXIN / Alpha-conotoxin / alpha-helix / disulfide bonds / amidated C-terminus

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin Li1.12

機能・相同性情報

生物種

Conus lividus (イボシマイモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

NULL, model1

データ登録者

Luo, S. / Zhangsun, D. / Zhu, X. / Wu, Y. / Hu, Y. / Christensen, S. / Akcan, M. / Craik, D.J. / McIntosh, J.M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Characterization of a Novel alpha-Conotoxin TxID from Conus textile That Potently Blocks Rat alpha 3 beta 4 Nicotinic Acetylcholine Receptors.
著者: Luo, S. / Zhangsun, D. / Zhu, X. / Wu, Y. / Hu, Y. / Christensen, S. / Harvey, P.J. / Akcan, M. / Craik, D.J. / McIntosh, J.M.

履歴

登録	2013年1月20日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m3i.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m3i.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2m3i_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2m3i_full_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示
XML形式データ	2m3i_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	2m3i_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/2m3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/2m3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1mxn-d 1akg-d 1pen-d 1xga-d 1dg2-d 2i28-d 1xgc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18964

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin

1.49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	Structures with the lowest MolProbity score
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin 分子量: 1493.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus lividus (イボシマイモ) / 参照: UniProt: H9N3R7
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: ~3 mg Conotoxin-1, 30% trifluoroethanol/70% water / 溶媒系: 30% trifluoroethanol/70% water
試料	濃度: 3 mg/mL / 構成要素: Conotoxin-1
試料状態	pH: 3.5 / Pressure units: atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNSSOLVE	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
MolProbity	Richardson	structure validation
PROMOTIF	Hutchinson, E. G., and Thornton, J. M	structure validation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

Protein phi angle constraints total count: 5

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: Structures with the lowest MolProbity score
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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