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万見
- PDB-2m3g: Structure of Anabaena Sensory Rhodopsin Determined by Solid State... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m3g
タイトルStructure of Anabaena Sensory Rhodopsin Determined by Solid State NMR Spectroscopy
要素Anabaena Sensory Rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Solid state NMR / Anabaena Sensory Rhodopsin / MAS NMR / Trimers
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法個体NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wang, S. / Munro, R.A. / Shi, L. / Kawamura, I. / Okitsu, T. / Wada, A. / Kim, S. / Jung, K. / Brown, L.S. / Ladizhansky, V.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2013
タイトル: Solid-state NMR spectroscopy structure determination of a lipid-embedded heptahelical membrane protein.
著者: Wang, S. / Munro, R.A. / Shi, L. / Kawamura, I. / Okitsu, T. / Wada, A. / Kim, S.Y. / Jung, K.H. / Brown, L.S. / Ladizhansky, V.
履歴
登録2013年1月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32015年6月17日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anabaena Sensory Rhodopsin
B: Anabaena Sensory Rhodopsin
C: Anabaena Sensory Rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5886
ポリマ－81,7353
非ポリマー8533
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Anabaena Sensory Rhodopsin


分子量: 27244.834 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-229 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
株: PCC7120 / 遺伝子: alr3165 / プラスミド: pMS107 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codonplus-RIL / 参照: UniProt: Q8YSC4
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NCA
1212D NCO
1313D CONCA
1413D NCACX
1513D NCOCX
1612D CC (DARR)
1722D NCA
1822D NCO
1923D NCACX
11023D NCOCX
11122D CC (DARR)
11232D NCA
11332D NCO
11433D NCACX
11533D NCOCX
11632D CC (DARR)
1173CHHC
1183HBR2-NCOCX

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 w/v [U-100% 13C; U-100% 15N] ASR, 0.9 w/v [U-100% 13C; U-100% 15N] DMPC, 0.1 w/v [U-100% 13C; U-100% 15N] DMPA, DMPC/DMPADMPC/DMPA
22 w/v alternately labeled by 2-13C glycerol and U- 15N ASR, 0.9 w/v [U-100% 13C; U-100% 15N] DMPC, 0.1 w/v [U-100% 13C; U-100% 15N] DMPA, DMPC/DMPADMPC/DMPA
32 w/v 1,3-C13-glycerol labeled and U-N15 labeled ASR, 0.9 w/v [U-100% 13C; U-100% 15N] DMPC, 0.1 w/v [U-100% 13C; U-100% 15N] DMPA, DMPC/DMPADMPC/DMPA
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 w/vASR-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.9 w/vDMPC-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.1 w/vDMPA-3[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2 w/vASR-4alternately labeled by 2-13C glycerol and U- 15N2
0.9 w/vDMPC-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.1 w/vDMPA-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2 w/vASR-71,3-C13-glycerol labeled and U-N15 labeled3
0.9 w/vDMPC-8[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.1 w/vDMPA-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
試料状態pH: 9 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Zhengrong and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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