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万見
- PDB-2m36: Solution structure of the insecticidal spider-venom peptide Aps III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m36
タイトルSolution structure of the insecticidal spider-venom peptide Aps III
要素U2-cyrtautoxin-As1a
キーワードTOXIN / Asp III / mu-CUTX-As1a / inhibitor cystine knot / voltage-gated sodium channel / insect toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


envenomation resulting in negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity in another organism / envenomation resulting in negative regulation of low voltage-gated calcium channel activity in another organism / envenomation resulting in modulation of transmission of nerve impulse in another organism / envenomation resulting in negative regulation of voltage-gated sodium channel activity in another organism / : / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Spider insecticidal peptide / Spider insecticidal peptide
類似検索 - ドメイン・相同性
Mu-cyrtautoxin-As1a
類似検索 - 構成要素
生物種Apomastus schlingeri (クモ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsLowest MolProbity score, model 1
データ登録者King, G.F. / Bende, N.S. / Mobli, M.
引用
ジャーナル: Biochem Pharmacol / 年: 2013
タイトル: The insecticidal neurotoxin Aps III is an atypical knottin peptide that potently blocks insect voltage-gated sodium channels.
著者: Bende, N.S. / Kang, E. / Herzig, V. / Bosmans, F. / Nicholson, G.M. / Mobli, M. / King, G.F.
#1: ジャーナル: Toxicon / 年: 1992
タイトル: Identification of insecticidal peptides from venom of the trap-door spider, Aptostichus schlingeri (Ctenizidae).
著者: Skinner, W.S. / Dennis, P.A. / Li, J.P. / Quistad, G.B.
履歴
登録2013年1月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U2-cyrtautoxin-As1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8591
ポリマ－3,8591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200Best MolProbity scores
代表モデルモデル #1lowest molprobity score

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要素

#1: タンパク質・ペプチド U2-cyrtautoxin-As1a / U2-CUTX-As1a / Aptotoxin III / Aptotoxin-3 / Paralytic peptide III / PP III


分子量: 3859.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Apomastus schlingeri (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49268

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Aps III
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 1H-13C NOESY aliphatic
1223D 1H-13C NOESY aromatic
1313D 1H-15N NOESY
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D C(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1914D HC(CO)NH
NMR実験の詳細Text: All NMR data except NOESY experiments were acquired using nonuniform sampling and transformed using MaxEnt.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1450 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] As1a, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2450 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] As1a, 20 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
450 uMAs1a-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
450 uMAs1a-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-42
試料状態pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthursecondary structure assignment
MolProbityDavis IW et al.analysis of stereochemical quality
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxestimation of dihedral angles
Rowland_NMR_ToolkitHoch, Stern et al.nmr data transformation
CYANAHoch, Stern et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 547 / NOE intraresidue total count: 117 / NOE long range total count: 171 / NOE medium range total count: 92 / NOE sequential total count: 167 / Disulfide bond constraints total count: 12 / Hydrogen bond constraints total count: 12
代表構造選択基準: lowest molprobity score
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Best MolProbity scores
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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