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万見
- PDB-2m35: NMR study of k-Ssm1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m35
タイトルNMR study of k-Ssm1a
要素k-Ssm1a
キーワードTOXIN / Kv1.3 / Potassium channel / Centipede / Blocker
機能・相同性Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 - #50 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Kappa-scoloptoxin(03)-Ssm1a
機能・相同性情報
生物種Scolopendra subspinipes (ムカデ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsHighest molprobity percentile, model1
データ登録者King, G.F. / Undheim, E.A. / Mobli, M. / Yang, S. / Rong, M. / Lai, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR study of k-Ssm1a
著者: Undheim, E.A. / Yang, S. / Mobli, M. / Rong, M. / Lai, R. / King, G.F.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: k-Ssm1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2151
ポリマ－6,2151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30target function
代表モデルモデル #1highest molprobity percentile

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要素

#1: タンパク質 k-Ssm1a


分子量: 6214.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scolopendra subspinipes (ムカデ) / プラスミド: pLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: I6RU32*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D HBHA(CO)NH
1614D HCC(CO)NH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY aliphatic
1913D 1H-13C NOESY aromatic
NMR実験の詳細Text: All 3D data except for NOESY data were acquired using non-uniform sampling and processed using maximum entropy reconstruction method.

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試料調製

詳細内容: 20 mM ammonium acetate, 400 uM [U-13C; U-15N] kSs1a, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMammonium acetate-11
400 uMkSs1a-2[U-13C; U-15N]1
5 %D2O-31
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XEASY3.2Bartels et al.peak picking
XEASY3.2Bartels et al.chemical shift assignment
TALOSTALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxchemical shift calculation
TALOSTALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin3Bruker Biospincollection
TopSpin3Bruker Biospin解析
Rowland_NMR_Toolkit3University of Connecticut解析
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1339 / NOE intraresidue total count: 350 / NOE long range total count: 228 / NOE medium range total count: 416 / NOE sequential total count: 345 / Disulfide bond constraints total count: 18 / Protein phi angle constraints total count: 46 / Protein psi angle constraints total count: 46
代表構造選択基準: highest molprobity percentile
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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