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- PDB-2m2k: The structure of HasB CTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m2k
タイトルThe structure of HasB CTD
要素HasB protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HasB CTD / tonb-like protein / hemophore / HEME acquisition system
機能・相同性
機能・相同性情報


energy transducer activity / plasma membrane protein complex / transmembrane transport / protein transport
類似検索 - 分子機能
Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 / Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 - #10 / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Prochnicka-Chalufour, A. / Lefevre, J. / Simenel, C. / Delepelaire, P. / Wandersman, C. / Delepierre, M. / Izadi-Pruneyre, N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The Structure of HasB Reveals a New Class of TonB Protein Fold.
著者: de Amorim, G.C. / Prochnicka-Chalufour, A. / Delepelaire, P. / Lefevre, J. / Simenel, C. / Wandersman, C. / Delepierre, M. / Izadi-Pruneyre, N.
履歴
登録2012年12月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HasB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2941
ポリマ－14,2941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 HasB protein


分子量: 14294.267 Da / 分子数: 1 / 断片: HasB C-terminal domain (UNP residues 133-263) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: hasB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79AD1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] urea, 85% H2O/15% D2O / 溶媒系: 85% H2O/15% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: urea-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 0.5 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ3.2Agilent Technologiesdata acquisition
VnmrJ3.2Agilent Technologiesdata processing
CNS_1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
Aria_2.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
XEASYBartels et al.データ解析
Aria_2.2精密化
CNS_1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2117 / NOE intraresidue total count: 607 / NOE long range total count: 719 / NOE medium range total count: 303 / NOE sequential total count: 488 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 74 / Protein psi angle constraints total count: 74
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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