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万見
- PDB-2m2i: NMR solution structure of BRCT domain of yeast REV1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m2i
タイトルNMR solution structure of BRCT domain of yeast REV1
要素DNA repair protein REV1
キーワードTRANSFERASE / BRCT / REV1
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding ...deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rev1 / BRCT domain / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family ...DNA repair protein Rev1 / BRCT domain / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein REV1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 10
データ登録者Pustovalova, Y. / Maciejewski, M.W. / Korzhnev, D.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: NMR mapping of PCNA interaction with translesion synthesis DNA polymerase Rev1 mediated by Rev1-BRCT domain.
著者: Pustovalova, Y. / Maciejewski, M.W. / Korzhnev, D.M.
履歴
登録2012年12月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein REV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7931
ポリマ－10,7931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein REV1 / Reversionless protein 1


分子量: 10792.604 Da / 分子数: 1 / 断片: BRCT domain (UNP residues 158-251) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: REV1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P12689, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1813D HNCO
1913D C(CO)NH
11013D HBHA(CO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D CCH-TOCSY
11313D (H)CCH-TOCSY-aro
11413D 1H-13C NOESY
11513D 1H-15N NOESY
11613D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 70 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Rev1-BRCT, 50 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.070 mMRev1-BRCT-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-21
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS8001
Varian VNMRSVarianVNMRS6002
Varian VNMRSVarianVNMRS5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Rowland_NMR_Toolkit3.1Jeffrey C. Hoch解析
Rowland_NMR_Toolkit3.1Alan S. Stern解析
VnmrJVariancollection
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle restraints
TALOS+Shen, Delaglio, Cornilescu, and Baxdihedral angle restraints
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1816 / NOE intraresidue total count: 459 / NOE long range total count: 619 / NOE medium range total count: 308 / NOE sequential total count: 424 / Protein phi angle constraints total count: 66 / Protein psi angle constraints total count: 70
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0151 Å / Distance rms dev error: 0.0015 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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