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万見
- PDB-2m22: Solution structure of the helix II template boundary element from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m22
タイトルSolution structure of the helix II template boundary element from Tetrahymena telomerase RNA
要素5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA / holoenzyme / protozoan proteins / ciliate / telomerase / reverse transcriptase
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Cash, D.D. / Richards, R.J. / Theimer, C.A. / Finger, D.L. / Feigon, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Solution structure of the helix II template boundary element from Tetrahymena telomerase RNA
著者: Richards, R.J. / Theimer, C.A. / Finger, D.L. / Feigon, J.
履歴
登録2012年12月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2013年5月1日ID: 2FRL
改定 1.12013年5月1日Group: Advisory
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3871
ポリマ－7,3871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量: 7387.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11111echo and WATERGATE
2212D TOCSY
2312D NOESY
1422D 15N-HMQC, 2D 15N-CPMG-NOESY, 2D JNN-HNN-COSY
2522D 13C-HSQCs
2622D (H)CCH COSY, 3D (H)CCH-TOCSY
2723D 1H,13C HMQCs

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6-1.0 mM unlabeled RNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*CP*C)-3'), 10 mM sodium phosphate, 30 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O or 100% D2O90% H2O/10% D2O or 100% D2O
20.6-1.0 mM 13C,15N uniformly labelled RNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*CP*C)-3'), 10 mM sodium phosphate, 30 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O or 100% D2O90% H2O/10% D2O or 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMRNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*CP*C)-3')-1unlabeled0.6-1.01
10 mMsodium phosphate-21
30 mMpotassium chloride-31
50 uMEDTA-41
0.2 %sodium azide-51
mMRNA (5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*UP*GP*CP*C)-3')-613C,15N uniformly labelled0.6-1.02
10 mMsodium phosphate-72
30 mMpotassium chloride-82
50 uMEDTA-92
0.2 %sodium azide-102
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1306.3ambient 298 K
2306.3ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.9.8Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.9.8Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: residual polar couplings
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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