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万見
- PDB-2lia: Solution NMR structure of a DNA dodecamer containing the 7-aminom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lia
タイトルSolution NMR structure of a DNA dodecamer containing the 7-aminomethyl-7-deaza-2'-deoxyguanosine adduct
要素DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*(2LA)P*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
キーワードDNA
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Szulik, M.W. / Ganguly, M. / Wang, R. / Gold, B. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Site-Specific Stabilization of DNA by a Tethered Major Groove Amine, 7-Aminomethyl-7-deaza-2'-deoxyguanosine.
著者: Szulik, M.W. / Voehler, M.W. / Ganguly, M. / Gold, B. / Stone, M.P.
履歴
登録2011年8月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*(2LA)P*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*(2LA)P*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3832
ポリマ－7,3832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 42back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*(2LA)P*CP*GP*CP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3691.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H COSY

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試料調製

詳細内容: 0.25 mM [U-2H] DNA dodecamer, 10 mM [U-2H] sodium phosphate, 200 mM [U-2H] sodium chloride, 0.011 M [U-2H] sodium azide, 0.05 mM [U-2H] sodium EDTA, 100% D2O
溶媒系: 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.25 mMDNA dodecamer-1[U-2H]1
10 mMsodium phosphate-2[U-2H]1
200 mMsodium chloride-3[U-2H]1
0.011 Msodium azide-4[U-2H]1
0.05 mMsodium EDTA-5[U-2H]1
試料状態イオン強度: 0.21 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.0.b.6Bruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 211 / NOE intraresidue total count: 114 / NOE sequential total count: 97
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 42 / 登録したコンフォーマーの数: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.453 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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