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万見
- PDB-2m1w: TICAM-2 TIR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m1w
タイトルTICAM-2 TIR domain
要素TIR domain-containing adapter molecule 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / TIR domain / TICAM-2 / TRAM / innate immunity / Interferon
機能・相同性
機能・相同性情報


MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / neutrophil degranulation / MyD88-independent TLR4 cascade / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / TRIF-mediated programmed cell death / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway ...MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / neutrophil degranulation / MyD88-independent TLR4 cascade / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / TRIF-mediated programmed cell death / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Golgi organization / necroptotic process / phagocytic cup / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / canonical NF-kappaB signal transduction / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phagocytosis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / secretory granule membrane / cell projection / apoptotic signaling pathway / intracellular protein transport / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / endosome membrane / inflammatory response / innate immune response / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane emp24 domain-containing protein / TIR domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TIR domain-containing adapter molecule 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Enokizono, Y. / Kumeta, H. / Funami, K. / Horiuchi, M. / Sarmiento, J. / Yamashita, K. / Standley, D.M. / Matsumoto, M. / Seya, T. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures and interface mapping of the TIR domain-containing adaptor molecules involved in interferon signaling.
著者: Enokizono, Y. / Kumeta, H. / Funami, K. / Horiuchi, M. / Sarmiento, J. / Yamashita, K. / Standley, D.M. / Matsumoto, M. / Seya, T. / Inagaki, F.
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIR domain-containing adapter molecule 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3861
ポリマ－19,3861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TIR domain-containing adapter molecule 2 / TICAM-2 / Putative NF-kappa-B-activating protein 502 / TRIF-related adapter molecule / Toll-like ...TICAM-2 / Putative NF-kappa-B-activating protein 502 / TRIF-related adapter molecule / Toll-like receptor adaptor protein 3 / Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein


分子量: 19385.865 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 75-235 / 変異: H117C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TICAM2, TIRAP3, TIRP, TRAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86XR7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D HBHA(CO)NH
11013D HN(CA)HA
11113D H(CCO)NH
11213D C(CO)NH
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY aliphatic
11613D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TICAM-2 TIR-1, 50mM HEPES-NaOH-2, 10mM DTT-3, 5% [U-100% 2H] glycerol-4, 0.02 mg/mL DSS-5, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTICAM-2 TIR-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMHEPES-NaOH-21
10 mMDTT-31
5 %glycerol-4[U-100% 2H]1
0.02 mg/mLDSS-51
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
NMRPipe2007.068.09.07Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardpeak picking
Sparky3.113Goddard精密化
TALOS2007.068.09.07Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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