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万見
- PDB-2m13: The ZZ domain of cytoplasmic polyadenylation element binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m13
タイトルThe ZZ domain of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1)
要素Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Zinc-binding protein / ZZ motif
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA 3'-end processing / translation factor activity, RNA binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of cytoplasmic translation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / cellular response to amino acid stimulus / P-body / cellular response to insulin stimulus / mRNA processing ...regulation of mRNA 3'-end processing / translation factor activity, RNA binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of cytoplasmic translation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / cellular response to amino acid stimulus / P-body / cellular response to insulin stimulus / mRNA processing / ribosome binding / cellular response to hypoxia / neuron projection / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / synapse / dendrite / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1, N-terminal / CPEB-1, RNA recognition motif 1 / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1 N-terminus / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / 30s Ribosomal Protein S18 ...Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1, N-terminal / CPEB-1, RNA recognition motif 1 / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1 N-terminus / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / 30s Ribosomal Protein S18 / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Lee, B.M. / Merkel, D.J. / Wells, S.B. / Hilburn, B.C. / Elazzouzi, F. / Perez-Alvarado, G.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: The C-Terminal Region of Cytoplasmic Polyadenylation Element Binding Protein Is a ZZ Domain with Potential for Protein-Protein Interactions.
著者: Merkel, D.J. / Wells, S.B. / Hilburn, B.C. / Elazzouzi, F. / Perez-Alvarado, G.C. / Lee, B.M.
履歴
登録2012年11月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9003
ポリマ－7,7691
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1 / CPE-BP1 / CPE-binding protein 1 / h-CEBP / hCPEB-1


分子量: 7768.841 Da / 分子数: 1 / 断片: ZZ domain of CPEB1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPEB, CPEB1 / プラスミド: pMal / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9BZB8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H NOESY
1512D 1H-13C ct-HSQC aliphatic
1622D 1H-13C ct-HSQC aliphatic
1712D 1H-13C HMQC aromatic
1822D 1H-13C HMQC aromatic
1922D 1H-15N HMQC 2JNH
11012D (HB)CB(CGCD)HD
11113D HNCO
11223D HNCO
11313D HNCA
11423D HNCA
11513D HN(CA)CB
11613D CBCA(CO)NH
11723D CBCA(CO)NH
11813D (H)CCH-COSY
11923D (H)CCH-COSY
12013D 1H-15N/13C NOESY
12123D 1H-15N/13C NOESY
12213D (H)CCH-TOCSY
12313D C(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1-ZZ G-P-504, 20 mM TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1-ZZ T498S, 50 mM potassium phosphate, 200 mM potassium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMCPEB1-ZZ G-P-504-566-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMTRIS-21
200 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
0.3 mMCPEB1-ZZ T498S-566-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMpotassium phosphate-62
200 mMpotassium chloride-72
5 mMDTT-82
試料状態イオン強度: 200 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5001
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA1.0.5Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
TALOS_plusShen, Delaglio, Cornilescu and Baxデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
NMRView8.0.3Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: implicit solvent ff03
NMR constraintsNOE constraints total: 352 / NOE intraresidue total count: 32 / NOE long range total count: 176 / NOE medium range total count: 121 / NOE sequential total count: 112 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 25 / Protein psi angle constraints total count: 26
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 0 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.14 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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