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万見
- PDB-2m0c: Solution NMR Structure of Homeobox Domain of Human ALX4, Northeas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m0c
タイトルSolution NMR Structure of Homeobox Domain of Human ALX4, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR4490C
要素Homeobox protein aristaless-like 4
キーワードGENE REGULATION / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


HMG box domain binding / embryonic skeletal system morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / digestive tract development / embryonic hindlimb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / embryonic digit morphogenesis / muscle organ development / roof of mouth development / hair follicle development ...HMG box domain binding / embryonic skeletal system morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / digestive tract development / embryonic hindlimb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / embryonic digit morphogenesis / muscle organ development / roof of mouth development / hair follicle development / post-embryonic development / skeletal system development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain ...OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox protein aristaless-like 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Xu, X. / Eletsky, A. / Pulavarti, S. / Lee, D. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Homeobox Domain of Human ALX4, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR4490C
著者: Xu, X. / Eletsky, A. / Pulavarti, S. / Lee, D. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2012年10月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein aristaless-like 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3571
ポリマ－9,3571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein aristaless-like 4


分子量: 9356.658 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox DNA binding residues 209-280 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALX4, KIAA1788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q9H161

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC ali
1313D HNCO
141(4,3)D GFT CABCA(CO)NH
1512D 1H-13C HSQC aro
161(4,3)D GFT HNCABCA
1713D simultaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1813D HN(CA)CO
1913D HBHA(CO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY ali
1111(4,3)D GFT (H)CCH-COSY ali
1121(4,3)D GFT (H)CCH-COSY aro
11312D 15N HSQC His
11422D 13C CT-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.871 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR4490C, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 10 mM Tris-HCl, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [5% 13C; U-100% 15N] HR4490C, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 10 mM Tris-HCl, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.871 mMHR4490C-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMsodium chloride-21
5 mMDTT-31
0.02 %sodium azide-41
10 mMTris-HCl-51
50 uMDSS-61
0.6 mMHR4490C-7[5% 13C; U-100% 15N]2
100 mMsodium chloride-82
5 mMDTT-92
0.02 %sodium azide-102
10 mMTris-HCl-112
50 uMDSS-122
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AS-DP1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AS-DP1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoAssign2.3.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.3.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
VnmrJ2.2DVariancollection
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PSVS1.4Bhattacharya, Montelionestructure validation
PROSAGuntertデータ解析
CSIWishart and Sykesデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY RUNNING CYANA AND ASDP IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS FROM TALOS+. CONSENSUS PEAK ASSIGNMENTS WERE ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY RUNNING CYANA AND ASDP IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS FROM TALOS+. CONSENSUS PEAK ASSIGNMENTS WERE SELECTED AND USED IN ITERATIVE REFINEMENT WITH CYANA. THE 20 CONFORMERS OUT OF 100 WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION WERE FURTHER REFINED BY SIMULATED ANNEALING IN EXPLICIT WATER BATH USING THE PROGRAM CNS WITH PARAM19 FORCE FIELD
NMR constraintsNOE constraints total: 841 / NOE intraresidue total count: 188 / NOE long range total count: 205 / NOE medium range total count: 232 / NOE sequential total count: 216 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 40 / Protein psi angle constraints total count: 40
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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