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万見
- PDB-2m04: Solution structure of BCL-xL in complex with PUMA BH3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m04
タイトルSolution structure of BCL-xL in complex with PUMA BH3 peptide
要素
  • Bcl-2-binding component 3
  • Bcl-2-like protein 1
キーワードApoptosis/PROTEIN BINDING / BCL-xL / PUMA / Apoptosis-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / T cell apoptotic process ...positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / execution phase of apoptosis / apoptotic mitochondrial changes / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / cellular response to ionizing radiation / determination of adult lifespan / cellular response to amino acid stimulus / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to gamma radiation / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / synaptic vesicle membrane / RAS processing / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis / neuron apoptotic process / nuclear membrane / cellular response to hypoxia / defense response to virus / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / centrosome / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Viacava Follis, A. / Royappa, G. / Kriwacki, R.W.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: PUMA binding induces partial unfolding within BCL-xL to disrupt p53 binding and promote apoptosis.
著者: Follis, A.V. / Chipuk, J.E. / Fisher, J.C. / Yun, M.K. / Grace, C.R. / Nourse, A. / Baran, K. / Ou, L. / Min, L. / White, S.W. / Green, D.R. / Kriwacki, R.W.
履歴
登録2012年10月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-binding component 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7272
ポリマ－23,7272
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 20673.723 Da / 分子数: 1 / 変異: delta(45-84) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2-like 1, BCL2L, BCL2L1, BCLX / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-binding component 3 / JFY-1 / p53 up-regulated modulator of apoptosis


分子量: 3053.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1312D 1H-1H TOCSY 14N edited
1412D 1H-1H NOESY 14N edited
1512D 1H-13C HSQC
1623D HNCA
1723D HN(CA)CB
1813D HN(CA)CB
1913D HNCO
11013D HN(CA)CO
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H; Ile,Leu,Val C1H3] BCL-xL, 0.9 mM PUMA BH3, 92% H2O/8% D2O92% H2O/8% D2O
20.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BCL-xL, 0.9 mM PUMA BH3, 92% H2O/8% D2O92% H2O/8% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMBCL-xL-1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H; Ile,Leu,Val C1H3]1
0.9 mMPUMA BH3-21
0.9 mMBCL-xL-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.9 mMPUMA BH3-42
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298.1 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
精密化手法: torsion angle simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 762 / NOE intraresidue total count: 86 / NOE long range total count: 120 / NOE medium range total count: 246 / NOE sequential total count: 235 / Hydrogen bond constraints total count: 158 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 107 / Protein psi angle constraints total count: 107
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.35 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 2.55 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.26 Å / Torsion angle constraint violation method: CYANA run output
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.01 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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