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万見
- PDB-2lz1: Solution NMR Structure of the DNA-Binding Domain of Human NF-E2-R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lz1
タイトルSolution NMR Structure of the DNA-Binding Domain of Human NF-E2-Related Factor 2, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR3520O
要素Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


aflatoxin catabolic process / positive regulation of glutathione biosynthetic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / membraneless organelle / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response ...aflatoxin catabolic process / positive regulation of glutathione biosynthetic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / membraneless organelle / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response / regulation of removal of superoxide radicals / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of cellular response to oxidative stress / cellular response to laminar fluid shear stress / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / mediator complex / cellular response to fluid shear stress / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / cellular response to angiotensin / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of ferroptosis / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / regulation of innate immune response / regulation of embryonic development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to glucose starvation / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to copper ion / cell redox homeostasis / protein-DNA complex / response to ischemia / transcription coregulator binding / positive regulation of D-glucose import / molecular condensate scaffold activity / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Heme signaling / positive regulation of neuron projection development / cellular response to hydrogen peroxide / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / Neddylation / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / response to oxidative stress / Potential therapeutics for SARS / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription Factor Skn-1; Chain P / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain / : / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain ...Transcription Factor Skn-1; Chain P / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain / : / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Eletsky, A. / Pulavarti, S.V.S.R.K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of the DNA-Binding Domain of Human NF-E2-Related Factor 2, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR3520O
著者: Eletsky, A. / Pulavarti, S.V.S.R.K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2012年9月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6671
ポリマ－10,6671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 / NF-E2-related factor 2 / NFE2-related factor 2 / HEBP1 / Nuclear factor / erythroid derived 2 / like 2


分子量: 10667.446 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-binding domain residues 445-523 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFE2L2, NRF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q16236

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1612D 1H-13C HSQC aromatic
1713D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1813D HBHA(CO)NH
1913D HN(CA)CO
11013D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11113D (H)CCH-COSY aliphatic
11222D 1H-13C HSQC methyl
11311D 15N T1
11411D 15N T2

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR3520O, 50 uM DSS, 0.02 % sodium azide, 50 mM Arginine, 10 mM DTT, 50 mM ammonium acetate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [5% 13C; U-100% 15N] HR3520O, 50 uM DSS, 0.02 % sodium azide, 50 mM Arginine, 10 mM DTT, 50 mM ammonium acetate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMHR3520O-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 uMDSS-21
0.02 %sodium azide-31
50 mMArginine-41
10 mMDTT-51
50 mMammonium acetate-61
0.5 mMHR3520O-7[5% 13C; U-100% 15N]2
50 uMDSS-82
0.02 %sodium azide-92
50 mMArginine-102
10 mMDTT-112
50 mMammonium acetate-122
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AS-DP1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
VnmrJ2.2DVariancollection
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PSVS1.4Bhattacharya, Montelionestructure validation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY RUNNING CYANA AND ASDP IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS FROM TALOS+. CONSENSUS PEAK ASSIGNMENTS WERE ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY RUNNING CYANA AND ASDP IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS FROM TALOS+. CONSENSUS PEAK ASSIGNMENTS WERE SELECTED AND USED IN ITERATIVE REFINEMENT WITH CYANA. THE 20 CONFORMERS OUT OF 100 WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION WERE FURTHER REFINED BY SIMULATED ANNEALING IN EXPLICIT WATER BATH USING THE PROGRAM CNS WITH PARAM19 FORCE FIELD
NMR constraintsNOE constraints total: 802 / NOE intraresidue total count: 291 / NOE long range total count: 101 / NOE medium range total count: 188 / NOE sequential total count: 222 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 42 / Protein psi angle constraints total count: 42
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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