PDB-2lz0: NMR structure of the protein ZP_02034617.1 from Bacteroides capil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lz0

タイトル

NMR structure of the protein ZP_02034617.1 from Bacteroides capillosus ATCC 29799

要素

Uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown Function /

Leucine Rich Repeat Protein (ロイシンリッチリピート) / PSI-Biology / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

Rossmann fold - #12480 /

ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides capillosus (バクテリア)

手法

溶液NMR /

molecular dynamics

Model details

closest to the average, model6

データ登録者

Dutta, S.K. / Serrano, P. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the protein ZP_02034617.1 from Bacteroides capillosus ATCC 29799
著者: Dutta, S.K. / Serrano, P. / Geralt, M. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2012年9月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月12日	Group: Structure summary
改定 1.2	2015年3月4日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lz0.cif.gz	591.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lz0.ent.gz	492.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/2lz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/2lz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2k7k-d 4y00-2 3bn0-d 6xxn-2 1url-d 2mew-d 6nsx-d 1el0-d 5v1u-2 6sru-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18734 TargetTrack: JCSG-424100

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 11087.371 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 379-478 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides capillosus (バクテリア) 遺伝子: BACCAP_00201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 De3 / 参照: UniProt: A6NPT5

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	4D APSY-HACANH
1	3	1	5D APSY-(HA)CA(CO)NH
1	4	1	5D APSY-CBCA(CO)NH
1	5	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	7	1	2D 1H-13C HSQC aromatic

-
試料調製

詳細

内容: 1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 4.5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.2 mM	entity-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
20 mM	potassium phosphate-2		1
50 mM	sodium chloride-3		1
4.5 mM	sodium azide-4		1

試料状態

イオン強度: 0.0798 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	collection
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	解析
XEASY		Bartels et al.	解析
CARA		Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA		Keller and Wuthrich	データ解析
UNIO		Herrmann and Wuthrich	peak picking
UNIO		Herrmann and Wuthrich	chemical shift assignment
UNIO		Herrmann and Wuthrich	構造決定
OPAL		Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich	精密化
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定

精密化

手法:

molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1766 / NOE intraresidue total count: 456 / NOE long range total count: 495 / NOE medium range total count: 550 / NOE sequential total count: 496

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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