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万見
- PDB-2lyw: Intermolecular interactions between neurotensin and the third ext... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lyw
タイトルIntermolecular interactions between neurotensin and the third extracellular loop of human neurotensin 1 receptor
要素
  • Neurotensin
  • Neurotensin receptor type 1
キーワードSIGNALING PROTEIN/NEUROPEPTIDE / Interaction ligand/receptor / NTS1 / SIGNALING PROTEIN-NEUROPEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide receptor binding / G protein-coupled neurotensin receptor activity / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / D-aspartate import across plasma membrane / regulation of membrane depolarization / positive regulation of arachidonate secretion / L-glutamate import across plasma membrane / regulation of respiratory gaseous exchange ...neuropeptide receptor binding / G protein-coupled neurotensin receptor activity / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / D-aspartate import across plasma membrane / regulation of membrane depolarization / positive regulation of arachidonate secretion / L-glutamate import across plasma membrane / regulation of respiratory gaseous exchange / neuropeptide hormone activity / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of glutamate secretion / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / response to lipid / temperature homeostasis / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / neuropeptide signaling pathway / transport vesicle / axon terminus / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / blood vessel diameter maintenance / adult locomotory behavior / dendritic shaft / learning / G protein-coupled receptor activity / cytoplasmic side of plasma membrane / terminal bouton / perikaryon / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / dendritic spine / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane raft / receptor ligand activity / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin/neuromedin N precursor / Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurotensin receptor type 1 / Neurotensin/neuromedin N
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Monti, J. / Da Costa, G.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2013
タイトル: Intermolecular interactions between the neurotensin and the third extracellular loop of human neurotensin 1 receptor.
著者: Da Costa, G. / Bondon, A. / Coutant, J. / Curmi, P. / Monti, J.P.
履歴
登録2012年9月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_nmr_software ...entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotensin receptor type 1
B: Neurotensin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8572
ポリマ－4,8572
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neurotensin receptor type 1 / NT-R-1 / NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH


分子量: 3180.568 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain residues 321-344 / 変異: C327S / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30989
#2: タンパク質・ペプチド Neurotensin / NT


分子量: 1675.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30990
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.7 mM neurotensin, 1.4 mM hNTS1(321-344), trifluoroethanol/water
溶媒系: trifluoroethanol/water
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.7 mMneurotensin-11
1.4 mMhNTS1(321-344)-21
試料状態圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
Insight IIAccelrys Software Inc.simulated annealing
Insight IIAccelrys Software Inc.精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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