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- PDB-2lyn: HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF RED ABALONE LYSIN DIMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lyn
タイトルHIGH RESOLUTION STRUCTURE OF RED ABALONE LYSIN DIMER
要素SPERM LYSIN
キーワードCELL ADHESION / ABALONE LYSIN / FERTILIZATION PROTEIN / GAMETE RECOGNITION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosomal lumen / single fertilization
類似検索 - 分子機能
Fertilization protein / Egg lysin (Sperm-lysin) / Egg-lysin superfamily / Egg lysin (Sperm-lysin) / Lysin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haliotis rufescens (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: 1.35 and 2.07 A resolution structures of the red abalone sperm lysin monomer and dimer reveal features involved in receptor binding.
著者: Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D.
履歴
登録1999年4月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPERM LYSIN
B: SPERM LYSIN
C: SPERM LYSIN
D: SPERM LYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1814
ポリマ－65,1814
非ポリマー00
水5,693316
1
A: SPERM LYSIN
B: SPERM LYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5902
ポリマ－32,5902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
2
C: SPERM LYSIN
D: SPERM LYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5902
ポリマ－32,5902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.520, 72.520, 266.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-183-

HOH

21D-173-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
SPERM LYSIN


分子量: 16295.218 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / Cell: SPERM / 器官: GONAD / Organelle: ACROSOME GRANULE / 参照: UniProt: P04552
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化pH: 4.5
詳細: 0.75 M (NH4)2SO4, 20 MM NH4SCN, 52.5 MM SODIUM-CITRATE-BORIC ACID BUFFER PH 4.5, 0.1 MM EDTA, 0.02% OTGP
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1drop
30.1 %(w/v)1dropNaN3
40.75 Mammonium sulfate1reservoir
520 mM1reservoirNH4SCN
652.5 mMsodium citrate/boric acid/citric acid1reservoir
70.1 mMEDTA1reservoir
80.02 %1-S-octyl-beta-D-thioglucopyranoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→40.5 Å / Num. obs: 44137 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 94.6
反射
*PLUS
冗長度: 6.9 % / Num. measured all: 948262 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.256

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
SHELXL精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LYN

1lyn


解像度: 2.07→100 Å / Num. parameters: 18473 / Num. restraintsaints: 17746 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2851 2197 5 %5% OF DATA
all0.2165 42965 --
obs0.213 -99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 4604
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4302 0 0 316 4618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.265
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40.5 Å / Rfactor Rfree: 0.285
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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