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- PDB-2ly4: HMGB1-facilitated p53 DNA binding occurs via HMG-box/p53 transact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ly4
タイトルHMGB1-facilitated p53 DNA binding occurs via HMG-box/p53 transactivation domain interaction and is regulated by the acidic tail
要素
  • Cellular tumor antigen p53
  • High mobility group protein B1
キーワードNUCLEAR PROTEIN/ANTITUMOUR PROTEIN / HMG / p53 / TAD / NUCLEAR PROTEIN-ANTITUMOUR PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of restriction endodeoxyribonuclease activity / regulation of tolerance induction / positive regulation of mismatch repair / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of apoptotic cell clearance / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / myeloid dendritic cell activation / T-helper 1 cell activation / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of dendritic cell differentiation ...regulation of restriction endodeoxyribonuclease activity / regulation of tolerance induction / positive regulation of mismatch repair / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of apoptotic cell clearance / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / myeloid dendritic cell activation / T-helper 1 cell activation / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of dendritic cell differentiation / C-X-C chemokine binding / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil clearance / DNA geometric change / RAGE receptor binding / positive regulation of interleukin-1 production / Regulation of TLR by endogenous ligand / bubble DNA binding / V(D)J recombination / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of monocyte chemotaxis / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / MyD88 deficiency (TLR2/4) / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / apoptotic cell clearance / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / supercoiled DNA binding / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA binding, bending / dendritic cell chemotaxis / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / histone deacetylase regulator activity / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / negative regulation of glial cell proliferation / positive regulation of DNA binding / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / T cell lineage commitment / mitochondrial DNA repair / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / B cell lineage commitment / phosphatidylserine binding / thymocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / chemoattractant activity / PI5P Regulates TP53 Acetylation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TRAF6 mediated NF-kB activation / rRNA transcription / TFIID-class transcription factor complex binding / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / DNA topological change / negative regulation of type II interferon production / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator
類似検索 - 分子機能
HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif ...HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53 / High mobility group protein B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Rowell, J.P. / Simpson, K.L. / Stott, K. / Watson, M. / Thomas, J.O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: HMGB1-Facilitated p53 DNA Binding Occurs via HMG-Box/p53 Transactivation Domain Interaction, Regulated by the Acidic Tail.
著者: Rowell, J.P. / Simpson, K.L. / Stott, K. / Watson, M. / Thomas, J.O.
履歴
登録2012年9月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High mobility group protein B1
B: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6862
ポリマ－19,6862
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 High mobility group protein B1 / High mobility group protein 1 / HMG-1


分子量: 9705.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMG1, HMGB1 / プラスミド: pT7-7 HMG1-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09429
#2: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 9981.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P53, TP53 / プラスミド: pET16b-p53(1-93) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-13C NOESY
1413D 1H-13C NOESY, X-filtered
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HBHA(CO)NH
1813D HNCO
1913D C(CO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N TOCSY
11213D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細内容: 10 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.5 mM PMSF, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
10 mMsodium phosphate-11
1 mMEDTA-21
1 mMDTT-31
0.5 mMPMSF-41
試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AzaraBoucher解析
ARIACCPN構造決定
AnalysisCCPNchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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