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- PDB-2lx7: Solution NMR structure of SH3 domain of growth arrest-specific pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lx7
タイトルSolution NMR structure of SH3 domain of growth arrest-specific protein 7 (GAS7) (fragment 1-60) from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8574A
要素Growth arrest-specific protein 7
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / Target HR8574A / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin coat assembly / clathrin-dependent endocytosis / clathrin-coated vesicle / neuron projection morphogenesis / clathrin-coated pit / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAS7, F-BAR domain / Unstructured linker region between on GAS7 protein / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / WW domain ...GAS7, F-BAR domain / Unstructured linker region between on GAS7 protein / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth arrest-specific protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Dan, L. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of SH3 domain of growth arrest-specific protein 7 (GAS7) (fragment 1-60) from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8574A
著者: Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Dan, L. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2012年8月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth arrest-specific protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7191
ポリマ－6,7191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Growth arrest-specific protein 7 / GAS-7


分子量: 6718.573 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAS7, KIAA0394 / プラスミド: HR8574A-1-60-AV6HT.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: O60861

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-13C NOESY aromatic
1934D CC-NOESY
11013D HNCA
11113D HN(CO)CA
11213D H(CCO)NH
11313D C(CO)NH
11413D HBHA(CO)NH
11513D (H)CCH-TOCSY
11613D (H)CCH-COSY
11713D HNHA
11833D (H)CCH-TOCSY
11912D 1H-13C HSQC-arom
12012D 1H-15N HSQC-Histidine
12122D 1H-13C HSQC - NC5

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.26 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SH3 domain of GAS7, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 10 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.45 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] SH3 domain of GAS7, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 10 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.26 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SH3 domain of GAS7, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 50 uM DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.26 mMSH3 domain of GAS7-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.02 %NaN3-21
10 mMDTT-31
5 mMCaCL2-41
100 mMNaCL-51
1 mMProteinase Inhibitors-61
20 mMMES pH 6.5-71
10 %D2O-81
50 uMDSS-91
0.45 mMSH3 domain of GAS7-10[U-10% 13C; U-100% 15N]2
0.02 %NaN3-112
10 mMDTT-122
5 mMCaCL2-132
100 mMNaCL-142
1 mMProteinase Inhibitors-152
20 mMMES pH 6.5-162
10 %D2O-172
50 uMDSS-182
0.26 mMSH3 domain of GAS7-19[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.02 %NaN3-203
10 mMDTT-213
5 mMCaCL2-223
100 mMNaCL-233
1 mMProteinase Inhibitors-243
20 mMMES pH 6.5-253
50 uMDSS-263
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8501
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readrefinemen,structure solution,geometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichrefinement,geometry optimization,structure solution
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionedata analysis,refinement
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionedata analysis,chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PSVSBhattacharya, Montelionestructure validation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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