[日本語] English
万見
- PDB-2lux: Calcium saturated form of human C85M S100A1 mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lux
タイトルCalcium saturated form of human C85M S100A1 mutant
要素Protein S100-A1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / sarcoplasmic reticulum ...Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / sarcoplasmic reticulum / calcium-dependent protein binding / ATPase binding / ER-Phagosome pathway / intracellular signal transduction / calcium ion binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ruszczynska-Bartnik, K. / Budzinska, M. / Zdanowski, K. / Ejchart, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of human holo-S100A1 C85M mutant
著者: Ruszczynska-Bartnik, K. / Ejchart, A. / Budzinska, M. / Zdanowski, K.
履歴
登録2012年6月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A1
B: Protein S100-A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0686
ポリマ－20,9072
非ポリマー1604
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 210structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Protein S100-A1 / S-100 protein alpha chain / S-100 protein subunit alpha / S100 calcium-binding protein A1


分子量: 10453.641 Da / 分子数: 2 / 変異: C85M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A1, S100A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23297
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1413D 1H-15N NOESY
1523D 1H-13C NOESY aliphatic
1623D 1H-13C NOESY aromatic
1713D CBCA(CO)NH
1813D HNCO
1913D HBHA(CO)NH
11013D HN(CO)CA
11132D 1H-15N HSQC edited for relaxation data

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] S100A1C85M, 50 mM [U-99% 2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 10 mM CALCIUM ION, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] S100A1C85M, 50 mM [U-99% 2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 10 mM CALCIUM ION, 100 % [U-99% 2H] D2O, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-99% 15N] S100A1C85M, 50 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 10 mM CALCIUM ION, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMS100A1C85M-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
50 mMTRIS-2[U-99% 2H]1
50 mMsodium chloride-31
10 mMCALCIUM ION-41
10 %D2O-5[U-99% 2H]1
90 %H2O-61
1 mMS100A1C85M-7[U-98% 13C; U-98% 15N]2
50 mMTRIS-8[U-99% 2H]2
50 mMsodium chloride-92
10 mMCALCIUM ION-102
100 %D2O-11[U-99% 2H]2
1 mMS100A1C85M-12[U-99% 15N]3
50 mMTRIS-13[U-2H]3
50 mMsodium chloride-143
10 mMCALCIUM ION-153
10 %D2O-16[U-99% 2H]3
90 %H2O-173
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA4001
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5002
Varian Varian NMR SystemVarianVarian NMR System7003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
CARA1.8Keller and Wuthrichchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA3Peter Guntertchemical shift assignment
CYANA3Peter Guntertデータ解析
CYANA3Peter Guntert構造決定
X-PLOR NIH2.26Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.26Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 210 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る