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- PDB-2l0p: Solution structure of human apo-S100A1 protein by NMR spectroscopy -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l0p
タイトルSolution structure of human apo-S100A1 protein by NMR spectroscopy
要素S100 calcium binding protein A1
キーワードCalcium binding protein / S100A1 / EF-hand / S100 family
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / sarcoplasmic reticulum ...Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / sarcoplasmic reticulum / calcium-dependent protein binding / ATPase binding / ER-Phagosome pathway / intracellular signal transduction / calcium ion binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein S100-A1 / Protein S100
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nowakowski, M. / Jaremko, L. / Jaremko, M. / Bierzynski, A. / Zhukov, I. / Ejchart, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Solution NMR structure and dynamics of human apo-S100A1 protein.
著者: Nowakowski, M. / Jaremko, L. / Jaremko, M. / Zhukov, I. / Belczyk, A. / Bierzynski, A. / Ejchart, A.
履歴
登録2010年7月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年2月22日Group: Other
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S100 calcium binding protein A1
B: S100 calcium binding protein A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1142
ポリマ－21,1142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2702.3 Å2
ΔGint-31.6 kcal/mol
Surface area10825.5 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 130structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 S100 calcium binding protein A1 / S100 calcium binding protein A1 / isoform CRA_a


分子量: 10556.783 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 54-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A1, RP1-178F15.1-003, hCG_15470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5T7Y6, UniProt: P23297*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D (HCA)CO(CA)NH
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CA)CB
1813D C(CO)NH
1913D HBHA(CO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY
11122D 1H-15N HSQC (T1)
11222D 1H-15N HSQC (T2)
11322D 1H-15N HSQC based NOE
11412D 1H-13C HSQC aromatic
11512D 1H-13C HSQC aliphatic
11633D 1H-13C HSQC(aromatic)-NOESY
11733D 1H-13C HSQC(aliphatic)-NOESY
11813D 1H-15N HSQC-NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] S100A1, 0.1 mM sodium azide, 50 mM TRIS-d11, 1 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-98% 15N] S100A1, 0.1 mM sodium azide, 50 mM TRIS(d11), 1 mM EDTA-13, 15 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] S100A1, 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] S100A1, 0.1 mM sodium azide, 50 mM TRIS-d11, 1 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMS100A1(aa)_monomer-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
1 mMS100A1(aa)_monomer_without_MET-2[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.1 mMsodium azide-31
50 mMTRIS-d11-41
1 mMEDTA-51
50 mMsodium chloride-61
90 %H2O-71
10 %D2O-81
1 mMS100A1(aa)_monomer-9[U-98% 15N]2
1 mMS100A1(aa)_monomer_without_MET-10[U-98% 15N]2
0.1 mMsodium azide-112
50 mMTRIS(d11)-122
1 mMEDTA-132
15 mMsodium chloride-142
90 %H2O-152
10 %D2O-162
1 mMS100A1(aa)_monomer-17[U-98% 13C; U-98% 15N]3
1 mMS100A1(aa)_monomer_without_MET-18[U-98% 13C; U-98% 15N]3
0.1 mMsodium azide-193
50 mMTRIS-d11-203
1 mMEDTA-213
50 mMsodium chloride-223
試料状態pH: 6.8 / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA4001
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5002
Varian Varian NMR SystemsVarianVarian NMR Systems7003
Varian Varian NMR SystemsVarianVarian NMR Systems8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3.112Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxprocessing heteronuclear nmr spectra
SparkyGoddardanalysis of 3d heteronuclear spectra
X-PLOR NIH2.2.5Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: standrad sa.inp xplor protocol
NMR constraintsNOE constraints total: 3184 / NOE intraresidue total count: 566 / NOE long range total count: 544 / NOE medium range total count: 868 / NOE sequential total count: 942 / Hydrogen bond constraints total count: 186 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 63 / Protein psi angle constraints total count: 63
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 130 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å / Torsion angle constraint violation method: xplor NIH
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0055 Å / Distance rms dev error: 0.0003 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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