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万見
- PDB-2lus: NMR structure of Carcinoscorpius rotundicauda thioredoxin related... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lus
タイトルNMR structure of Carcinoscorpius rotundicauda thioredoxin related protein 16 and its role in regulating transcription factor NF-kB activity
要素Thioredoxion
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cr-TRP16
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory perception / photoreceptor cell maintenance
類似検索 - 分子機能
Nucleoredoxin-like protein 2 / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
16 kDa thioredoxion
類似検索 - 構成要素
生物種Carcinoscorpius rotundicauda (カブトガニ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 20
データ登録者Giri, P.K. / Fan, J. / Kunchithapadam, S. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: NMR structure of Carcinoscorpius rotundicauda thioredoxin-related protein 16 and its role in regulating transcription factor NF-kB activity.
著者: Giri, P.K. / Jing-Song, F. / Shanmugam, M.K. / Ding, J.L. / Sethi, G. / Swaminathan, K. / Sivaraman, J.
履歴
登録2012年6月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0621
ポリマ－16,0621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxion


分子量: 16062.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carcinoscorpius rotundicauda (カブトガニ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A3E0V9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D HN(CA)CB
1323D CBCA(CO)NH
1423D 1H-13C NOESY aliphatic
1523D (H)CCH-TOCSY
1632D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1100 mM [U-100% 15N] sodium chloride, 5 mM [U-100% 15N] DTT, 1 mM [U-100% 15N] EDTA, 5 % [U-100% 15N] glycerol, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2100 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sodium chloride, 5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DTT, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] EDTA, 5 % [U-100% 13C; U-100% 15N] glycerol, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
3100 mM [U-100% 15N] sodium chloride, 5 mM [U-100% 15N] DTT, 1 mM [U-100% 15N] EDTA, 8 mg/mL [U-100% 15N] Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMsodium chloride-1[U-100% 15N]1
5 mMDTT-2[U-100% 15N]1
1 mMEDTA-3[U-100% 15N]1
5 %glycerol-4[U-100% 15N]1
100 mMsodium chloride-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5 mMDTT-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 mMEDTA-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5 %glycerol-8[U-100% 13C; U-100% 15N]2
100 mMsodium chloride-9[U-100% 15N]3
5 mMDTT-10[U-100% 15N]3
1 mMEDTA-11[U-100% 15N]3
8 mg/mLPf1 phage-12[U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TopSpinBruker Biospincollection
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1728 / NOE intraresidue total count: 717 / NOE long range total count: 349 / NOE medium range total count: 227 / NOE sequential total count: 435
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.018 Å / Distance rms dev error: 0.0003 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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