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万見
- PDB-2lue: LC3B OPTN-LIR Ptot complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lue
タイトルLC3B OPTN-LIR Ptot complex structure
要素
  • Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
  • Optineurin
キーワードPROTEIN BINDING / Selective autophagy / LC3 proteins / Signaling protein / Protein-peptide complex / Phosphoserine
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor recycling / type 2 mitophagy / cell death / SARS-CoV-2 modulates autophagy / Golgi ribbon formation / ceramide binding / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of xenophagy / Golgi to plasma membrane protein transport / phosphatidylethanolamine binding ...negative regulation of receptor recycling / type 2 mitophagy / cell death / SARS-CoV-2 modulates autophagy / Golgi ribbon formation / ceramide binding / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of xenophagy / Golgi to plasma membrane protein transport / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to nitrogen starvation / TNFR1-induced proapoptotic signaling / autophagy of mitochondrion / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / Golgi organization / axoneme / autophagosome membrane / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / autophagosome assembly / mitophagy / cellular response to unfolded protein / endomembrane system / positive regulation of autophagy / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / cellular response to starvation / autophagosome / Pexophagy / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / macroautophagy / mitochondrial membrane / Regulation of TNFR1 signaling / trans-Golgi network / autophagy / recycling endosome membrane / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / KEAP1-NFE2L2 pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / protein-macromolecule adaptor activity / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / defense response to Gram-negative bacterium / microtubule / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like ...NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Optineurin / Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / restrained energy refinement
Model detailsclosest to the average, model2
データ登録者Rogov, V.V. / Rozenknop, A. / Loehr, F. / Guentert, P. / Doetsch, V.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for phosphorylation-triggered autophagic clearance of Salmonella.
著者: Rogov, V.V. / Suzuki, H. / Fiskin, E. / Wild, P. / Kniss, A. / Rozenknop, A. / Kato, R. / Kawasaki, M. / McEwan, D.G. / Lohr, F. / Guntert, P. / Dikic, I. / Wakatsuki, S. / Dotsch, V.
履歴
登録2012年6月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
B: Optineurin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2112
ポリマ－16,2112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 13965.106 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 5-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB T7 Express / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#2: タンパク質・ペプチド Optineurin / E3-14.7K-interacting protein / FIP-2 / Huntingtin yeast partner L / Huntingtin-interacting protein ...E3-14.7K-interacting protein / FIP-2 / Huntingtin yeast partner L / Huntingtin-interacting protein 7 / HIP-7 / Huntingtin-interacting protein L / NEMO-related protein / Optic neuropathy-inducing protein / Transcription factor IIIA-interacting protein / TFIIIA-IntP


分子量: 2245.813 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 169-185 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96CV9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Complex structure of the autophagy modifier LC3B with synthetic OPTN-LIR peptide in totally phosphorylated form (all five serines are phosphoserines)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY aliphatic
1913D 1H-13C NOESY aromatic
11013D NOESY-[13C,1H]-HSQC 13C/15N filtered in F1
11122D 1H-1H NOESY F1,F2 13C/15N filtered
11213D NOESY-[15N,1H]-FHSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] entity_1-1, 4.9 mM entity_2-2, 70 mM sodium phosphate-3, 30 mM sodium chloride-4, 0.3 mM DSS-5, 5 mM Protease inhibitors cocktail-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
22.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] entity_1-7, 0.4 mM entity_2-8, 70 mM sodium phosphate-9, 30 mM sodium chloride-10, 0.3 mM DSS-11, 5 mM Protease inhibitors cocktail-12, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMentity_1-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
4.9 mMentity_2-21
70 mMsodium phosphate-31
30 mMsodium chloride-41
0.3 mMDSS-51
5 mMProtease inhibitors cocktail-61
2.5 mMentity_1-7[U-98% 13C; U-98% 15N]2
0.4 mMentity_2-82
70 mMsodium phosphate-92
30 mMsodium chloride-102
0.3 mMDSS-112
5 mMProtease inhibitors cocktail-122
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004
Bruker AvanceBrukerAVANCE5005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospincollection
TopSpin2Bruker Biospinchemical shift calculation
TopSpin2Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddardデータ解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardpeak picking
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
OPALpKoradi, Billeter and Guntert精密化
精密化手法: restrained energy refinement / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3472 / NOE intraresidue total count: 750 / NOE long range total count: 1240 / NOE medium range total count: 715 / NOE sequential total count: 767 / Hydrogen bond constraints total count: 94 / Protein phi angle constraints total count: 126 / Protein psi angle constraints total count: 130
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.1 Å / 代表コンフォーマー: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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