PDB-2lud: Solution structure of a conformational mutant of the adhesion pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lud

タイトル

Solution structure of a conformational mutant of the adhesion protein delta-Bd37 from Babesia divergens

要素

Glycosylphosphatidylinositol-anchored merozoite surface protein

キーワード

CELL INVASION / apicomplexa / babesia / erythrocyte binding protein / vaccine / Bd37

機能・相同性

Glycosylphosphatidylinositol-anchored merozoite surface protein / Bd37, core domain superfamily / Glycosylphosphatidylinositol-anchored merozoite surface protein / Adhesion protein Bd37

機能・相同性情報

生物種

Babesia divergens (多型バベシア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing

データ登録者

Murciano, B. / Barthe, P. / Delbecq, S. / Roumestand, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of a conformational mutant of the adhesion protein delta-Bd37 from Babesia divergens
著者: Murciano, B. / Barthe, P. / Schetters, T. / Gorenflot, A. / Roumestand, C. / Delbecq, S.

履歴

登録	2012年6月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lud.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lud.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/2lud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/2lud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jo7
類似構造データ	1xpi-1 3g12-d 2otw-2 2ohg-d 3pz6-6 3gw8-1 4nqw-d 3pam-1 2dud-d 2vpd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18517

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosylphosphatidylinositol-anchored merozoite surface protein

24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 600	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Glycosylphosphatidylinositol-anchored merozoite surface protein 分子量: 24575.314 Da / 分子数: 1 / 変異: K248A, E279A, D283A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Babesia divergens (多型バベシア) 遺伝子: Bd37 / プラスミド: pIVEX 2.4.a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8T117

#1: タンパク質

Glycosylphosphatidylinositol-anchored merozoite surface protein

分子量: 24575.314 Da / 分子数: 1 / 変異: K248A, E279A, D283A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Babesia divergens (多型バベシア)
遺伝子: Bd37 / プラスミド: pIVEX 2.4.a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8T117

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 1H-15N NOESY
1	2	1	3D 1H-15N TOCSY
1	3	2	3D HNCA
1	4	2	3D CBCA(CO)NH
1	5	2	3D HN(CA)CB
1	6	2	3D HNCO
1	7	2	3D HCACO
1	8	2	3D 1H-13C NOESY aliphatic

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.45 mM [U-100% 15N] EDK-delta-Bd37, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.38 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] EDK-delta-Bd37, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.45 mM	EDK-delta-Bd37-1	[U-100% 15N]	1
0.38 mM	EDK-delta-Bd37-2	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2

試料状態

イオン強度: 50 / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Gifa	4.44	Delsuc	解析
CINDY	1.8	Padilla	データ解析
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD SCRIPTS

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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