[日本語] English
万見
- PDB-2lua: Solution structure of CXC domain of MSL2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lua
タイトルSolution structure of CXC domain of MSL2
要素Protein male-specific lethal-2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dosage compensation complex / histone H2B ubiquitin ligase activity / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / HATs acetylate histones / protein-RNA adaptor activity / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / chromatin-protein adaptor activity / lncRNA binding ...dosage compensation complex / histone H2B ubiquitin ligase activity / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / HATs acetylate histones / protein-RNA adaptor activity / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / chromatin-protein adaptor activity / lncRNA binding / nuclear chromosome / X chromosome / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / sequence-specific double-stranded DNA binding / ubiquitin protein ligase activity / chromosome / protein ubiquitination / chromatin binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, zinc RING finger / E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, CXC domain / E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / CXC domain of E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / zinc RING finger of MSL2 / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, zinc RING finger / E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, CXC domain / E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / CXC domain of E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / zinc RING finger of MSL2 / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase msl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Feng, Y. / Ye, K. / Zheng, S. / Wang, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Solution Structure of MSL2 CXC Domain Reveals an Unusual Zn(3)Cys(9) Cluster and Similarity to Pre-SET Domains of Histone Lysine Methyltransferases.
著者: Zheng, S. / Wang, J. / Feng, Y. / Wang, J. / Ye, K.
履歴
登録2012年6月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein male-specific lethal-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8494
ポリマ－5,6531
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Protein male-specific lethal-2


分子量: 5652.500 Da / 分子数: 1 / 断片: CXC domain / 変異: C49G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: msl-2, CG3241 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50534
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D C(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N TOCSY
11013D CCH-TOCSY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D 1H-13C NOESY aromatic
11313D 1H-15N NOESY
11421D Cd113
11522D 1H-113Cd HSQC
11622D 1H-113Cd HMQC-TOCSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 50 mM potassium phosphate, 0.01% w/v DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM protein, 3 mM Cd113 ZINC ION, 50 mM potassium phosphate, 0.01% w/v DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity_1-1[U-13C; U-15N]0.5-1.51
50 mMpotassium phosphate-21
0.01 w/vDSS-31
1 mMentity_1-52
3 mMZINC ION-6Cd1132
50 mMpotassium phosphate-72
0.01 w/vDSS-82
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE4002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
FelixAccelrys Software Inc.解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る